[发明专利]一种特异单倍型鉴定牦牛品种的方法

说明书

本发明属于分子生物学技术领域，公开了一种特异单倍型鉴定牦牛品种的方法，通过颈静脉采集待测牦牛血液样本并测序，获取待检测线粒体基因组的测序数据；将测序数据进行拼接和组装，与牦牛品种/遗传资源的特异单倍型序列进行比对，确定待测牦牛所属的牦牛品种/遗传资源。本发明提供的特异单倍型鉴定牦牛品种的方法确定了每个牦牛品种/遗传资源的独特线粒体单倍型，通过分析发现各牦牛品种的独特单倍型占比较高。本发明提供的特异单倍型鉴定牦牛品种的方法分别从线粒体全基因组层面评估基因组单倍型，能够大大降低测序和后期生物信息学分析的成本及时间，提高牦牛品种的检测效率。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，尤其涉及一种特异单倍型鉴定牦牛品种的方法。

背景技术

目前，通过对牦牛的长期观察，藏牧民以牦牛的体形、体格、头型、角型、性格特点和分布区域等6个指标为依据，将牦牛划分为两个类型即祁连山型和昆仑山型。根据牦牛的毛色、体型结构、产区的生态环境以及牦牛的发展历史，陆仲璘将中国牦牛分为西南高山峡谷型、青藏高原型和祁连山型3个类型；蔡立通过实地考察青海、四川、甘肃、云南的牦牛产区生态环境以及牦牛的特征后，将中国牦牛划分为2个类型：青藏高原型和横断高山型，也是目前学者们认可度较高的牦牛类型划分，也是列入《中国牛品种志》的牦牛分类；而《中国牦牛学》中将牦牛按照产区的不同地形地貌划分为3个类型：青藏高原型、横断高山型和羌塘型。截至目前为止，我国共计认定了19个地方遗传资源和2个培育品种。但是，单纯通过上述指标并不能鉴定某牦牛属于哪一品种。牦牛线粒体基因组比较保守，变异小，受到基因突变影响较小，同时测序简单，利用牦牛线粒体基因组单倍型鉴定牦牛所属品种简单高效。

通过上述分析，现有技术存在的问题及缺陷为：鉴于牦牛在外形特征上，好几个品种具有相似的外形特征，通过牦牛外形等一系列指标并不能鉴定待测牦牛所属的具体品种以及鉴定结果不准确。

发明内容

针对现有技术存在的问题，本发明提供了一种特异单倍型鉴定牦牛品种的方法。

本发明是这样实现的，一种特异单倍型鉴定牦牛品种的方法，特异单倍型鉴定牦牛品种的方法包括：通过颈静脉采集待测牦牛血液样本并进行Sanger测序，获取待检测线粒体基因组的测序数据；将测序数据进行拼接和组装，与牦牛品种/遗传资源的特异单倍型序列进行比对，确定待测牦牛所属的牦牛品种/遗传资源。

进一步，采集的待测牦牛血液样本数量为509份。

进一步，待检测线粒体基因组的测序数据包括线粒体基因组突变和拷贝数基因组信息的变化。

进一步，牦牛品种/遗传资源的特异单倍型序列为SEQ ID NO：1。

进一步，特异单倍型鉴定牦牛品种的方法包括以下步骤：

步骤一，获取待测牦牛的血液样本并进行Sanger测序；

步骤二，获取待检测线粒体基因组的测序数据；

步骤三，将步骤二得到的测序数据进行拼接和组装；

步骤四，确定每个牦牛品种/遗传资源的独特单倍型序列。

进一步，步骤一中，利用抗凝管通过颈静脉采集获取待测牦牛的血液样本。

本发明的另一目的在于提供一种所述的特异单倍型鉴定牦牛品种的方法在鉴定牦牛个体、群体、品系或品种中的应用。

本发明的另一目的在于提供一种实施所述的特异单倍型鉴定牦牛品种的方法得到的鉴定牦牛品种的特异单倍型。

本发明的另一目的在于提供一种鉴定牦牛品种的试剂，鉴定牦牛品种的试剂包含所述鉴定牦牛品种的特异单倍型。

本发明的另一目的在于提供一种鉴定牦牛品种的试剂盒，所述鉴定牦牛品种的试剂盒包含所述鉴定牦牛品种的试剂。