[发明专利]一种基于扁豆基因组开发的SSR标记库及应用

说明书

本发明涉及分子标记技术领域，具体涉及一种基于扁豆基因组开发的SSR标记及应用，本发明公开了利用扁豆基因组数据开发了30对扁豆的SSR标记，所护30对标记对应的正反向引物如SEQ ID NO:1‑60所示。本发明公开的30对SSR标记在扁豆基因组中表现了良好的稳定性及多态性，显示了良好的通用性，为扁豆的分子育种提供了极大的帮助。

技术领域

本发明涉及分子标记技术领域，具体涉及一种基于扁豆基因组开发的SSR标记及应用。

背景技术

扁豆为豆科扁豆属的一年生或多年生草质藤本植物，主要分布在印度及热带国家。我国以南方栽培较多。扁豆用途广泛，既可以用于生物防控杂草生长，又是优质青贮饲料的来源，同时也是一种含蛋白质和胡萝卜素较高的蔬菜，栽培容易。此外，扁豆还是一种理想的中药材，具有一定的药用价值。故扁豆经济价值高，应用前景广。但目前国内外对于扁豆的研究及育种工作进展明显落后于其他豆科植物。

对扁豆种质资源进行分类对于扁豆的育种工作具有十分重要的意义，同时通过传统的育种手段进行优良性状扁豆新品种的选育会消耗大量的时间及成本，而分子标记在种质资源方面的研究及分子标记辅助育种中具有广泛的应用，其中SSR标记由于其广泛存在于生物基因组中，数量众多且重复性高，成为一种常用分子标记。目前SSR标记已广泛应用于豆科的大豆及蒺藜苜蓿等植物，但利用扁豆基因组开发SSR标记的应用研究较少。

发明内容

本发明提供一种基于扁豆基因组开发的SSR标记及应用。本发明基于扁豆基因组开发了30个扁豆的SSR标记，并阐述了上述SSR标记在扁豆种质资源多样性分析中的应用。

为实现上述目的，本发明提供了一种扁豆基因组开发的SSR标记，其包括如下30个位点所对应的正向及反向引物：

进一步地，上述扁豆SSR标记在扁豆种质资源遗传多样性分析中的应用。

进一步地，上述扁豆SSR标记的引物通过如下方法获得：

1)根据国家基因库序列号CNP0000096的扁豆基因组数据，利用MISA对基因组序列中的SSR序列进行检测，利用Primer3对检测到的SSR序列进行引物设计；

2)利用步骤1)获得的SSR引物对，并从115份扁豆材料中选取不同来源地的8份扁豆材料提取DNA进行PCR扩增，根据扩增结果筛选SSR引物；

3)提取步骤2)中所述115份扁豆材料的DNA作为模版，对步骤2)中筛选的SSR标记添加荧光标记后进行PCR扩增，利用扩增产物进行荧光标记毛细管电泳，从而验证步骤2)中筛选的SSR引物。

进一步地，步骤2)中所述的8份扁豆材料为扁豆苗期植株。

进一步地，步骤2)及步骤3)中所述的PCR反应体系为总体积25μL，其中成分包括DNA模板(20-50ng/μL)，SSR正向引物(10μM)，SSR反向引物(10μM)，dNTP mix(5μM)，TaqBuffer(含MgCl2)2.5μL，Taq酶5U/μL。

进一步地，，步骤2)及步骤3)中所述的PCR反应条件为95℃预变性5分钟；94℃变性30秒，60℃退火30秒(退火温度每个循环降低0.5℃)，72℃延伸30秒，10个循环；94℃变性30秒，55℃退火30秒，72℃延伸30秒，30个循环；72℃延伸10分钟。