[发明专利]普氏原羚SSR分子标记组合、引物组合、试剂盒和应用

说明书

本发明提供了普氏原羚SSR分子标记组合、引物组合、试剂盒和应用，涉及分子生物学技术领域。本发明基于普氏原羚全基因组测序数据，进行SSR引物设计和SSR位点的筛选，得到的26对SSR引物能够稳定扩增出目标产物，且具有高度多态性，可用于普氏原羚群体遗传多样性检测、群体遗传结构分析、进化与亲缘关系研究。筛选得到的普氏原羚多态性SSR分子标记组合，可对普氏原羚进行个体识别，准确率高。实验结果表明，本发明普氏原羚SSR分子标记组合可满足个体识别需求，对33份普氏原羚亚成体粪便样品个体识别，其来自24个不同个体，这与江西沟普氏原羚救护中心普氏原羚亚成体个数一致。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，尤其涉及普氏原羚SSR分子标记组合、引物组合、试剂盒和应用。

背景技术

普氏原羚(Procapraprzewalskii)，隶属偶蹄目，牛科，原羚属，是青藏高原特有动物，现在仅分布在青海湖周围区域，是青海海湖流域的旗舰物种，是我国一级重点保护野生动物。随着各种保护措施的实施和保护力度的加强，普氏原羚种群数量恢复较快，2022年5月青海省林业和草原局公布数据显示普氏原羚野外成年个体超过2800只。

简单重复序列(Single sequence repeats,SSR)，也叫作微卫星(Microsatellite)序列，是以1-6个核苷酸为重复单位，多次重复使之能产生串联重复序列，几乎存在于整个基因组，且不一样的等位基因间重复单元和重复次数的不同使其具有多态性。

目前，许多学者对普氏原羚的种群分布和种群数量、生境选择、采食对策和食性、受胁因素等开展了大量研究。也有学者采用线粒体分子标记开展普氏原羚种群遗传多样性研究。然而现有技术中并没有利用SSR标记对普氏原羚进行个体识别的相关报道。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供普氏原羚4碱基SSR分子标记组合、引物组合、试剂盒和应用，本发明基于普氏原羚全基因组测序数据开发多态性SSR标记，满足了普氏原羚个体识别需求。

为了实现上述发明目的，本发明提供了以下技术方案：

本发明提供了普氏原羚SSR分子标记组合，所述SSR分子标记组合包括PR-6、PR-7、PR-8、PR-10、PR-12、PR-14、PR-16、PR-22、PR-25、PR-26、PR-28、PR-30、PR-40、PR-42、PR-46、PR-53、PR-58、PR-63、PR-64、PR-65、PR-69、PR-71、PR-72、PR-85、PR-86、PR-97中的一种或几种；所述SSR标记依次由以下引物对扩增得到，所述引物对的序列如SEQ ID NO.1-2、SEQ IDNO.3-4、SEQ ID NO.5-6、SEQ ID NO.7-8、SEQ ID NO.9-10、SEQ IDNO.11-12、SEQ IDNO.13-14、SEQ ID NO.15-16、SEQ ID NO.17-18、SEQ ID NO.19-20、SEQ ID NO.21-22、SEQID NO.23-24、SEQ ID NO.25-26、SEQ ID NO.27-28、SEQ ID NO.29-30、SEQ ID NO.31-32、SEQ ID NO.33-34、SEQ ID NO.35-36、SEQ ID NO.37-38、SEQ ID NO.39-40、SEQ ID NO.41-42、SEQ NO.43-44、SEQ ID NO.45-46、SEQ ID NO.47-48、SEQ ID NO.49-50、SEQ ID NO.51-52所示。

优选的，所述SSR分子标记组合为PR-6、PR-8、PR-12、PR-22、PR-25、PR-30、PR-40、PR-58、PR-63、PR-69、PR-71、PR-72、PR-85、PR-86和PR-97。