[发明专利]玉米第1号染色体穗行数主效QTL的功能性SNP分子标记及应用

说明书

本发明公开了玉米第1号染色体穗行数主效QTL的功能性SNP分子标记及应用。本发明提供了检测玉米基因组中SNP位点1570基因型的物质在如下至少一种的应用：1)鉴定或辅助鉴定玉米穗行数状态；2)选育穗行数多的玉米；所述SNP位点1570为SEQ ID NO：4的第101位。本发明的实验证明了，本发明提供了SNP位点1570，并根据其开发了KASP标记。利用K1570标记对47份国内外玉米骨干自交系材料分型，发现TT基因型的材料比GG基因型的材料穗行数显著增加。因此，SNP位点1570基因型及其对应的K1570标记可用于判断玉米的穗行数状态，为选育穗行数多的玉米提供基础。

技术领域

本发明属于生物技术领域，尤其涉及玉米第1号染色体穗行数主效QTL的功能性SNP分子标记及应用。

背景技术

穗行数是玉米产量性状最重要的构成因子之一，与行粒数、百粒重共同决定了玉米单穗籽粒产量。雌穗的发育模式决定了穗行数呈偶数行增加，穗行数每增加两行，单株籽粒可增加几十粒，对增产贡献较大。因此，穗行数一直是育种家关注和持续改良的重要产量性状。穗行数属于数量性状，受主效基因控制，同时也受环境的影响，导致实际生产中同一个材料的穗行数表型呈一定变异范围，计算出的穗行数的均值成奇数。穗行数基因的效应大小与所用的群体有关，在变异广泛的群体中检测到的效应值更加准确。

利用玉米果穗突变体鉴定到较多影响穗行数的基因，根据其在雌穗发育过程中的作用，可分为三类基因：第一类是在营养生长向生殖生长转换过程中，控制花序分生组织的转换及维持；第二类是花序分生组织的形态建成及维系；第三是小花分枝的决定、发育及建成。然而，基于突变体克隆到的大多数基因具有许多不利表型，例如整体株型受影响或穗部变形，很难将这些基因用于玉米育种。因此，有必要挖掘来自于玉米自然变异材料中穗行数基因及其有利等位基因。

目前玉米中已报道的与穗行数性状紧密连锁、且来自于基因内的功能标记较少，极大限制了对穗行数性状的准确鉴定和预测。因此，针对自然变异材料中穗行数基因及其有利等位基因开发分子标记显得尤为迫切和重要。

发明内容

本发明的目的是提供玉米第1号染色体穗行数主效QTL的功能性SNP分子标记及应用。

第一方面，本发明提供了检测玉米基因组中SNP位点1570基因型的物质在如下至少一种的应用：

1)鉴定或辅助鉴定玉米穗行数状态；

2)选育穗行数多的玉米；

所述SNP位点1570为SEQ ID NO：4的第101位。

上文玉米穗行数表型通过玉米穗行数的多少体现。

上文所述应用中，所述SNP位点1570的基因型为TT、GG或TG。

上文所述应用中，所述检测玉米基因组中SNP位点1570基因型的物质为A1)或A2)：

A1)成套引物；

A2)含有所述成套引物的PCR试剂或试剂盒；

所述成套引物包括引物1、引物2及引物3；

所述引物1的核苷酸序列包括SEQ ID NO：1第22-42位所示的序列；

所述引物2的核苷酸序列包括SEQ ID NO：2第22-42位所示的序列；

所述引物3的核苷酸序列为SEQ ID NO：3。

上文所述应用中，所述引物1的核苷酸序列为SEQ ID NO：1；

所述引物2的核苷酸序列为SEQ ID NO：2。

第二方面，本发明提供了如下任一物质：

第一方面中的所述成套引物；