[发明专利]双链DNA和杂环低聚物之间复合物的形成

权利要求书

1.一种在靶双链DNA和1到2个低聚物在小沟中的位点形成特异的复合物的方法，其中对所述的低聚物进行选择以提供K_a为至少10⁹M^-1的与所述的靶双链DNA的结合，

所述的低聚物含有作为核心结构的：(1)5到6个环成员的有机环基团，其中至少60％的环是具有1到3个杂原子的杂环，其中杂原子是氮，氧和硫，并且其中至少60％的杂环至少具有一个氮原子，其中所述的低聚物被限定为具有至少6个所述的含有氮的杂环，其中所述的杂环中的至少一个是特异于A，G，C或T的，并且杂环的互补对参照核苷酸的互补对，所述的低聚物含有至少两个与作为第一低聚物的自身或与作为第二低聚物的另一个低聚物形成互补对的两个连续的杂环的单元，

其中当所述的低聚物与它自身形成所述的互补对时，所述的低聚物含有形成发夹回转的内部分子，并且

当两个低聚物形成所述的互补对时，所述的两个低聚物含有一种2到6个碳原子的内部脂肪族氨基酸，其中所述的内部脂肪族氨基酸优先与A和T并列，并且与它自身形成互补对，和

有机环基团末尾上的至少一个末端：(2)2到6个碳原子的脂肪族氨基酸；和(3)含有一个极性基团的烷基链，该极性基团从连接所说的烷基链和低聚物的其余部分的键具有2至4个碳原子，所述的杂环通过2个碳原子的链连接，该链含有NH基团，以便与所述双链DNA的可以得到的氮和氧原子形成氢键，先决条件是远离所述的小沟的表面的氢原子可以利用总数不超过100个碳原子的取代基取代，所述的方法包括：

在复合物形成条件下将所述的低聚物与双链DNA放置在一起，从而在所述的第一个和第二个低聚物之间在靶双链DNA处形成复合物。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述的核心结构是未取代的。

3.一种在靶双链DNA和1至2个低聚物之间在小沟中形成特异的复合物的方法，其中对低聚物进行选择以与吡咯(Py)和N-甲基醚唑(Im)结合，其中对所述的N-杂环和所述的低聚物的其它成员进行选择，以便提供大于约10⁹M^-1的K_a，其中所述的低聚物由至少6个所述的杂环组成，

其中与所述的靶双链DNA相关的杂环的顺序被限定为Im/Py与G/C并，在Py/Im与C/G并列，和Py/Py与A/T和T/A并列，并且杂环的互补对参照核苷酸的互补对，

所述的低聚物含有至少两个与作为第一低聚物的自身或与作为第二低聚物的另一个低聚物形成互补对的连续的杂环单元，

其中当所述的低聚物与它本身形成所述的互补对时，所述的低聚物含有一个内部γ-氨基丁酸，并且

当两个低聚物形成所述的互补对时，所述的低聚物含有一个内部β-丙氨酸，所述的内部β-丙氨酸与A/T和T/A并列，并与它本身形成互补对，

每个低聚物的终端是与一个2至4个碳原子的、含有一个极性基团的烷基链连接的甘氨酸或β-丙氨酸氨基酸，所述的杂环通过含有NH基团的2个原子的链连接，以便与所述的双链DNA的可得氮和氧原子形成氢键，先决条件是第二γ-氨基丁酸可连接于末端，以限定所述的第一个低聚物的环，并且远离所述的小沟的表面的氢原子可以利用总共不超过100个碳原子的取代基取代，所述的方法包括：

在复合物形成的条件下，将所述的第一个或第二个低聚物与双链DNA放置在一起，从而在所述的第一个或第二个低聚物和任何靶双链DNA之间形成复合物。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述的核心单元是未取代的。

5.根据权利要求3所述的方法，其中所述的连接基团含有氨基基团。

6.根据权利要求3所述的方法，其中所述的第二个低聚物具有一个分开至少2个N-杂环的单元的β-丙氨酸。

7.根据权利要求5所述的方法，其中不存在超过2个连续的Im。

8.根据权利要求5所述的方法，其中所述的第二个低聚物含有至少8个N-杂环。

9.根据权利要求3所述的方法，其中所述的第二个低聚物中的至少一个含有至少2个未配对的N-杂环。

10.根据权利要求8所述的方法，其中所述的第二个低聚物中的每一个含有3个未配对N-杂环。