[发明专利]用于评估HIV病毒适应度的方法、质粒载体和引物

摘要

本发明涉及在给定环境中评价HIV病毒复制能力的方法和装置。特别地，本发明提供了生长竞争检验，其可以利用重组标签化的HIV－1病毒系统来测定相关的病毒适应度。所述方法依靠质粒载体、扩增子、引物和探针，以及由此的能复制的病毒的生成。所述方法和材料可以用于多个领域，包括诊断、药物筛选、药物遗传学和药物开发。

主权项

1.一种用于测定两种HIV病毒在环境中的复制能力的离体或体外方法，所述方法包括下述步骤：e)产生标签化的重组传染性病毒，其包含标签化的HIV DNA载体和来自第一目标HIV病毒的第一扩增子；其中所述标签化的HIV DNA载体通过在选自gag、pol、env、tat、rev、nef、vif、vpr和vpu的HIV基因之一中导入一个或多个沉默突变来产生；其中所述标签化的HIVDNA载体在其DNA序列中具有删除，所述删除最多对应于或重叠于来自所述第一目标HIV病毒的所述第一扩增子的侧翼区域；其中所述一个或多个沉默突变被导入下述基因中，所述基因不被来自所述第一目标HIV病毒的所述第一扩增子包括；以及其中所述第一扩增子包含来自所述第一目标HIV病毒的gag、pol或env基因、其部分和其组合；f)产生未标签化的重组传染性病毒，其包含未标签化的HIV DNA载体和来自第二目标HIV病毒的第二扩增子；其中所述未标签化的HIVDNA载体不包含在步骤a)的标签化的HIV DNA载体中导入的一个或多个沉默突变；其中所述未标签化的HIV DNA载体在其DNA序列中具有删除，所述删除最多对应于或重叠于来自所述第二目标HIV病毒的所述第二扩增子的侧翼区域；以及其中所述第二扩增子包含来自第二目标HIV病毒的gag、pol或env基因、其部分和其组合；g)在给定环境中在细胞培养物中混合步骤a)和b)的重组传染性病毒；以及h)通过检测所述标签化的重组传染性病毒的所述HIV DNA载体部分中的一个或多个沉默突变，和通过检测所述未标签化的重组传染性病毒的所述HIV DNA载体部分中一个或多个沉默突变的缺乏，通过定量扩增测定总病毒群体内标签化的重组传染性病毒的比例和未标签化的重组传染性病毒的比例。