[发明专利]扩增DNA片段

摘要

本发明提供了检测核酸分子的方法，所述核酸分子在邻近3’末端处具有靶序列。本发明还提供了区分在邻近3’末端处具有靶序列的核酸分子与在分子内嵌入相同靶序列的核酸分子的方法。

主权项

1. 在含有非邻近于3’末端而是嵌入分子内部的靶序列的分子存在时，从样品中选择性扩增在邻近于3’末端处具有靶序列的核酸分子的方法，所述方法包括(i)使样品与模板寡核苷酸接触，所述寡核苷酸具有(a)3’区域，其与邻近于核酸分子3’末端的靶序列基本上互补；(b)5’尾，其含有核酸序列，使得当模板寡核苷酸与位于3’末端邻近处或嵌入核酸分子内部的靶序列退火时，能形成游离的5’尾，5’尾为靶序列的3’末端延伸提供了模板，所述靶序列中掺入与模板寡核苷酸5’尾互补的序列，导致在靶序列中添加与5’尾互补的序列；和(c)3’区域的修饰，所述修饰延迟了所述模板寡核苷酸的3’延伸；(ii)使样品与第二寡核苷酸，以及任选与第三寡核苷酸接触，所述第二寡核苷酸用于在与模板寡核苷酸相反的方向上引发，所述第三寡核苷酸与模板寡核苷酸的5’尾共享核苷酸序列；和(iii)进行样品的扩增，其中(a)在模板寡核苷酸的3’延伸延迟的情况下，通过自靶序列3’末端起的延伸，复制了模板寡核苷酸的5’尾，使得同模板寡核苷酸与非邻近于3’末端的靶序列的退火相比，模板寡核苷酸与邻近于3’末端的靶序列的退火被稳定化；和(b)其中与和非邻近于3’末端的靶序列退火的模板寡核苷酸的延伸相比，随之而来的模板寡核苷酸与邻近于3’末端的靶序列的稳定化退火增强了模板寡核苷酸的3’延伸效率；和(c)其中使用模板寡核苷酸和/或第三寡核苷酸与第二寡核苷酸的联合进行扩增，导致在含有嵌入分子内部的靶序列的核酸分子存在时，选择性扩增邻近于3’末端的靶序列。