[发明专利]一种糖尿病药物治疗相关基因突变的检测方法及其专用芯片和试剂盒

摘要

本发明公开了一种对糖尿病药物治疗相关基因突变进行检测的方法及其专用芯片和试剂盒。该方法是以待检测的来自于人体组织的基因组为模板，用针对特定突变位点设计的引物组和没有3’-5’端外切酶活性的DNA聚合酶进行多重PCR扩增，然后将得到的PCR产物与基因芯片上的等位基因特异性探针进行杂交，根据杂交结果确定各糖尿病药物治疗相关基因的突变类型；本发明可以全面、系统、高通量地检测已知的与糖尿病治疗药物反应个体差异密切相关的基因突变，极大地提高了芯片检测的准确性和特异性。

主权项

1、一种对糖尿病药物治疗相关基因的突变进行检测的方法，是以待检测的来自于人体组织的基因组为模板，用如下引物组和没有3’-5’端外切酶活性的DNA聚合酶进行多重PCR扩增，然后将得到的PCR产物与基因芯片进行杂交，根据杂交结果确定各糖尿病药物治疗相关基因的突变类型；所述引物组包括一对或一对以上的延伸方向相反的等位基因特异性内引物和对应的两条外引物以及一条共用的特异性扩增辅助引物；所述外引物和所述等位基因特异性内引物组成的每对引物能扩增包括糖尿病药物治疗相关基因的一个突变位点的突变型或野生型碱基在内的核苷酸片段；所述等位基因特异性内引物的5’端是一段由G和C组成的与模板DNA不匹配的序列，序列长度为8-15nt；所述等位基因特异性内引物的3’端包括14-25个碱基，3’端最后一个碱基恰好位于糖尿病药物治疗相关基因的一个突变位点上，与该位点的突变型或野生型碱基匹配，3’端的其余碱基与突变位点前的相应片段完全匹配；所述的共用特异性扩增辅助引物是一段由G和C组成，并与所述等位基因特异性内引物的5’端完全相同的序列；所述探针针对各糖尿病药物治疗相关基因突变位点设计，所述的每个糖尿病药物治疗相关基因突变位点对应两组寡核苷酸探针，分别为野生型等位基因特异性探针和突变型等位基因特异性探针，每组探针又包括一条等位基因特异性短探针和一条等位基因特异性长探针；所述的每个突变位点的野生型等位基因特异性探针和突变型等位基因特异性探针，分别与待检测扩增片段的两条链上的相应序列匹配；所述的等位基因特异性短探针和与其相应的等位基因特异性长探针与同一段待检测基因片段的同一条链上的相应序列匹配；所述的等位基因特异性短探针与其中包括糖尿病药物治疗相关基因突变位点的一段序列匹配，探针的长度为14-25nt；所述的等位基因特异性长探针与该基因突变位点下游且不包含该突变位点的一段序列匹配，探针的长度为50-70nt；所述等位基因特异性内引物与包含一个糖尿病药物治疗相关基因突变位点的野生型或突变性碱基在内的相应片段完全匹配，且3’末端恰好为基因突变位点；所述糖尿病药物治疗相关基因突变类型为CYP2C9*3-I359L(rs51038296)、CYP2C19*2a-I331V(rs3758581)、CYP2C19*2b-E92D(rs17878459)、CYP2C19*3-W212X(rs4986893)、SLCO1B1-V174A(rs4149056)、SLCO22A1-P283L(rs4646277)、SLCO22A1-P341L(rs2282143)、SLCO22A1-M408V(rs628031)、SLC22A2-A270S(rs316019)、IRS-1-G972A(rs1801278)、PPARG-P12A(rs1805192)、ADIPOQ(rs2241766)、ADIPOQ(+276G/T)、TCF7L2(rs12255372)、KCNJ11-G15G(rs2241766)中的至少一种；根据上述所选取的糖尿病药物治疗相关基因突变类型来选择引物组和探针；所述特异性扩增辅助引物和各等位基因特异性内引物的5’端部分的序列是序列表中的序列1；所述等位基因特异性内引物的3’端部分来自下述30种单链核苷酸片段中的一种或任意多种，由所述30种单链核苷酸片段上的包括3’末端碱基在内的15-30个任意连续碱基组成，所述30种单链核苷酸片段的核苷酸序列分别是序列表中的SEQ ID NO.2至31；所述等位基因特异性短探针来自下述30种单链核苷酸片段中的一种或任意多种，由所述30种单链核苷酸片段上的包括基因突变位点在内的任意连续14-25个碱基组成，所述30种单链核苷酸片段的核苷酸序列分别是序列表中的SEQ IDNO.32至62；所述等位基因特异性长探针为下述30种单链核苷酸片段中的一种或任意多种，所述30种单链核苷酸片段的核苷酸序列分别是序列表中的SEQ ID NO.63至93。