[发明专利]用于苹果枝干轮纹病抗性基因检测的SCAR分子标记方法

摘要

用于苹果枝干轮纹病抗性基因检测的SCAR分子标记方法，它涉及一种基因分子标记方法。不仅可以用来对亲本材料的抗轮纹病遗传基础进行鉴别，也可以对杂交后代进行早期的选择，从而加速苹果抗轮纹病育种的进程。例如，对本研究的杂交组合来说，可淘汰1/2非r1r1基因型的个体，这也极大地降低了人力物力的消耗。另外，该标记还可为进一步克隆抗轮纹病基因和基因转移提供方法和物质基础，也可为苹果抗轮纹病的遗传规律研究和分子标记遗传连锁图的构建提供科学依据。

主权项

用于苹果枝干轮纹病抗性基因检测的SCAR分子标记方法，其特征在于：a.以苹果品种舞姿、短枝富士及其F1代杂种(88株，其中抗病11株，感病77株)为试材，分离提取并纯化基因组DNA；b.采用RAPD技术，用上海Sangon公司的随机引物180个，进行F1代杂种及亲本DNA的扩增。其中，引物S389(5’TGCGAGAGTC 3’)扩增出的大小约为1700碱基对的片段在11株抗病个体中均表现为缺失，而在77株感病个体中有34株也表现为缺失(即缺失个体约占感病个体总数的3/7)，这与受两对独立分配基因控制的性状遗传规律相吻合。即这是一个与其中一对基因位点相关的基因标记。由于该片段也在亲本品种短枝富士上出现，而在舞姿上表现缺失，因此，可推测出亲本及其后代的基因型；c.用玻璃珠DNA胶回收试剂盒(上海Sangon公司)从琼脂糖凝胶中回收目标DNA片段；d.用美国Promega公司的pGEM-T载体连接回收的DNA片段；e.转化大肠杆菌DH5α，提取质粒DNA，并于37℃电热恒温箱中保温3小时，进行酶切；f.对鉴定为阳性克隆的菌液送测序公司测序；g.获得目标DNA片段即RAPD标记片段实际长度为1679碱基对的全部碱基组成及其序列；h.根据序列的碱基组成，人工设计并合成一对该序列的特异寡核苷酸引物；i.对原杂交组合双亲及F1代杂种的基因组DNA进行SCAR-PCR特异扩增；j.获得特异扩增的多态性DNA片段，即SCAR标记，可用于检测与与苹果枝干轮纹病抗性基因之一r1相关的基因型R1r1(感病)与r1r1(抗病)，从而达到鉴别隐性纯合基因型r1r1个体的目的。