[发明专利]通过无公式方法确定熔融温度有效
申请号: | 200910207618.4 | 申请日: | 2009-10-16 |
公开(公告)号: | CN101782940A | 公开(公告)日: | 2010-07-21 |
发明(设计)人: | R·T·克尼克 | 申请(专利权)人: | 霍夫曼-拉罗奇有限公司 |
主分类号: | G06F19/00 | 分类号: | G06F19/00;C12M1/40 |
代理公司: | 中国专利代理(香港)有限公司 72001 | 代理人: | 朱海煜;王忠忠 |
地址: | 瑞士*** | 国省代码: | 瑞士;CH |
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摘要: | 本发明是通过无公式方法确定熔融温度。进行熔融曲线数据集的一阶导数的数值确定。对于一阶导数值确定基线,并且从一阶导数值减去基线以产生修正的一阶导数值。确定修正的一阶导数值的第一最大值,并且所述第一最大值表示DNA样本的熔融温度Tm。例如高斯混合模型(GMM)函数等具有使用列文伯格-马夸尔特(LM)回归过程所确定的参数的模型函数也可用于查找对一阶导数曲线的近似。数值确定的一阶导数值的最大值用作模型函数的参数的初始条件。所确定参数提供一个或多个分步熔融温度值,它们可被返回,例如被显示或者以其它方式使用,供进一步处理。 | ||
搜索关键词: | 通过 公式 方法 确定 熔融 温度 | ||
【主权项】:
一种确定DNA的熔融温度Tm的计算机实现方法,所述方法包括:-接收表示DNA样本的熔融曲线的数据集,所述数据集包括各具有一对坐标值的多个数据点;-数值确定所述熔融曲线的数据点的一阶导数值;-确定所述一阶导数值的基线;-从所述一阶导数值减去所述基线,以产生修正的一阶导数值;-确定所述修正的一阶导数值的第一最大值;以及-输出所述第一最大值,其中所述第一最大值表示DNA样本的熔融温度Tm。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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