[发明专利]一种基于聚合酶链式反应产物测序序列分型的实现方法和系统在审
| 申请号： | 201010117703.4 | 申请日： | 2010-03-04 |
| 公开（公告）号： | CN101984445A | 公开（公告）日： | 2011-03-09 |
| 发明（设计）人： | 刘涛;樊清华 | 申请（专利权）人： | 深圳华大基因科技有限公司 |
| 主分类号： | G06F19/00 | 分类号： | G06F19/00 |
| 代理公司： | 中国国际贸易促进委员会专利商标事务所 11038 | 代理人： | 孙宝海 |
| 地址： | 518083 广东*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开一种PCR-SBT分型方法和系统，该方法包括：通过计算机程序根据测序结果判读杂合子位点和待分型碱基序列；将待分型碱基序列比对到对应位点的分型数据库，识别待分型碱基序列和分型数据库的参考序列的联配位置关系；检索分型数据库中的等位基因型，根据定序策略获得分型数据库中的等位基因型的罚分值；根据分型数据库中的等位基因型的罚分值获得候选型别组合集。本发明提供的SBT分型方法和系统，可以通过计算机等设备实现候选基因型的自动识别，从而提高了分型效率；通过图形化显示界面等技术手段为分型人员的分型确认和修改提供方便，提供了分型准确率以及分型效率。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 聚合 链式反应 产物 序列 实现 方法 系统 | ||
【主权项】：
一种基于聚合酶链式反应产物测序序列分型的实现方法，其特征在于，包括：通过计算机程序根据测序结果判读杂合子位点和待分型碱基序列；将含有杂合子的所述待分型碱基序列比对到对应位点的分型数据库，识别所述待分型碱基序列和所述分型数据库的参考序列的联配位置关系；根据所述待分型碱基序列和所述分型数据库的参考序列的联配位置关系检索所述分型数据库中的等位基因型，根据定序策略获得所述分型数据库中的等位基因型的罚分值；根据所述分型数据库中的等位基因型的罚分值获得候选型别组合集。
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G06 计算；推算；计数
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G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
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G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
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