[发明专利]用于选择统计上确认的候选基因的方法

摘要

在此提供了用于对在种群中的候选基因与感兴趣的性状之间的关联进行评估的方法。这些方法包括全基因组关联分析与嵌套联合作图(NAM)和表达QTL分析(eQTL)之一或两者的一种组合。如果使用GWA与NAM和eQTL之一或两者的组合这些标记显示出与感兴趣是性状是正相关的，则选择或优先化这些标记。还提供的是用于对生物的嵌套群体中的候选标记与性状之间的关联进行评估的模型。这些方法包括单标记回归和多标记回归模型。可以将使用本发明的这些方法鉴定的标记用于标记辅助育种和选择中，如用于构建连锁图谱、用于发现基因、用于鉴定促成感兴趣的性状的基因、以及用于产生具有所希望的性状的转基因生物的遗传标记。

主权项

一种选择与在感兴趣的种类中的感兴趣的性状相关联的一种或多种标记的方法，该方法包括：a)使用适当编程的计算机来进行全基因组联合作图(GWA)从而鉴定与在所述种类的种群中的所述感兴趣的性状相关联的一种或多种标记；b)使用适当编程的计算机来进行以下各项之一从而鉴定与所述感兴趣的性状相关联的一种或多种标记：i)嵌套联合作图(NAM)；以及ii)表达数量性状基因座(eQTL)分析；c)将在步骤(a)中鉴定的每个标记在所述种类的物理遗传图谱上进行比对；d)将步骤在(b)中鉴定的每个标记在步骤(c)中所述的物理遗传图谱上进行比对；并且e)选择从以下比对产生的任何重叠标记：或者在步骤(c)中的标记与在所述种类中的在相同基因座处的在步骤(d)中映射(mapped)的标记的比对，亦或在步骤(c)中的标记与在其它种类的同线区中的在相同基因座处的在步骤(d)中映射的标记的比对。