[发明专利]一种蛋白质鉴定方法

摘要

本发明涉及一种基于EST序列的蛋白鉴定方法，以及一种基于蛋白质数据库和EST序列的蛋白鉴定方法。

主权项

一种基于EST序列的蛋白鉴定方法，步骤包括：1)使蛋白质样品成多肽片段的混合物并进行质谱，产生质谱图；2)将相应物种的EST序列数据根据密码子原则六框翻译成EST氨基酸序列，形成EST氨基酸序列库；3)将上述质谱图相对于上述EST氨基酸序列库进行数据库搜索，对于每一张质谱图，如果有搜索结果，将搜索到的EST氨基酸序列组成一个组；4)利用TGICL软件将同一组中的EST氨基酸序列对应的EST序列进行拼接，具有重叠部分的EST序列拼接成更长的大片段，经过拼接后该组EST序列变成拼接后的大片段和与不能拼接的单体；5)将一组中的大片段和单体分别比对到蛋白质数据库，对每个大片段和单体挑选比对分值最高且大于第一阈值的蛋白质，确定该组对应于一个蛋白或几个蛋白，其中所述第一阈值是1e‑5至1e‑30；6)若是一组里的大片段和单体若比对到不同蛋白，将大片段对应的蛋白与其他单体进行比对，若比对分值满足第二阈值，则认为该组代表所述大片段对应的蛋白，其中所述第二阈值是1e‑10至1e‑50；7)仅代表的一个蛋白的组对相应质谱图被鉴定为该蛋白。