[发明专利]修饰的茎-环寡核苷酸介导的反转录和碱基间隔限制的定量PCR

摘要

提供了用于检测样品中靶RNA分子的方法。该方法包括：使用RT寡核苷酸反转录所述样品中包含的靶RNA以产生包含RT寡核苷酸和3’延伸区域的反转录产物，所述RT寡核苷酸包含含有被修饰或可被修饰为阻碍DNA聚合酶延伸的一个或多个核苷酸的茎-环部分和与靶RNA的下游部分互补的靶退火部分，所述靶退火部分位于茎-环部分的3’；使用下列引物扩增所述反转录产物以产生扩增产物：(i)第一扩增引物，其退火到所述反转录产物的3’延伸区域的下游部分，和(ii)第二扩增引物，其退火到与所述反转录产物互补的DNA链的交界部分，所述交界部分包含与RT寡核苷酸的3’部分和反转录产物中的3’延伸区域的5’部分互补的区域；以及检测所述扩增产物；其中所述茎-环部分在用于所述反转录的条件下采取茎-环结构但在用于所述扩增的条件下不采取茎-环结构且其中当所述茎-环部分包含可被修饰为阻碍DNA聚合酶延伸的一个或多个核苷酸时，该方法还包括在所述扩增之前修饰所述可被修饰的核苷酸。

主权项

一种用于检测样品中靶RNA分子的方法，所述方法包括：使用RT寡核苷酸反转录所述样品中包含的靶RNA以产生包含所述RT寡核苷酸和3’延伸区域的反转录产物，所述RT寡核苷酸包含含有被修饰或可被修饰为阻碍DNA聚合酶延伸的一个或多个核苷酸的茎‑环部分和与所述靶RNA的下游部分互补的靶退火部分，所述靶退火部分位于所述茎‑环部分的3’；使用下列引物扩增所述反转录产物以产生扩增产物：(i)第一扩增引物，其退火到所述反转录产物的3’延伸区域的下游部分，和(ii)第二扩增引物，其退火到与所述反转录产物互补的DNA链的交界部分，所述交界部分包含与所述RT寡核苷酸的3’部分和所述反转录产物中的所述3’延伸区域的5’部分互补的区域；以及检测所述扩增产物；其中所述茎‑环部分在用于所述反转录的条件下采取茎‑环结构但在用于所述扩增的条件下不采取所述茎‑环结构且其中当所述茎‑环部分包含可被修饰为阻碍DNA聚合酶延伸的一个或多个核苷酸时，所述方法还包括在所述扩增之前修饰所述可被修饰的核苷酸。