[发明专利]大规模平行邻接作图

摘要

本发明公开了邻接信息对于实现哺乳动物基因组的高质量从头装配和人基因组的单元型分辨的重测序是重要的。本文描述的方法寻求在不同规模上的邻接信息的成本有效的、大规模平行捕获。

主权项

一种用于捕获邻接信息的方法，其特征在于，所述方法包括：(a)通过以下方法生成多个带标签的核酸分子(i)用转座酶处理靶DNA序列，从而导致一个或多个断裂或插入事件，进而限定两个或更多个靶DNA序列片段；(ii)将一个或多个识别序列加入或插入所述靶DNA序列，其中，所述一个或多个识别序列为条形码序列或衔接子序列；(iii)区室化或物理上限制所述靶DNA序列的位置，从而建立多个带标签的核酸分子，各个带标签的核酸分子带有对应于加入或插入的识别序列的所述靶DNA序列的共享性质，其中，所述共享性质为所述多个带标签的核酸分子的等同的或互补的条形码序列、或受约束的物理位置；(b)对所述多个带标签的核酸分子进行测序；和(c)通过鉴定所述多个带标签的核酸分子中所述加入或插入的识别序列的存在来捕获邻接信息，其中所述加入或插入的识别序列的存在对应于所述靶DNA序列的共享性质；其中所述邻接信息是在两个或更多个靶DNA序列片段之间的空间关系，所述空间关系为：(i)邻近关系，其中所述两个或更多个靶DNA序列片段直接彼此邻近，(ii)区室关系，其中所述两个或更多个靶DNA序列片段在所述一个或多个断裂或插入事件之前在靶DNA序列的相同区段内，但不一定彼此邻近，或(iii)距离关系，其中所述两个或更多个靶DNA序列片段在所述一个或多个断裂或插入事件之前不连续且不邻近，但通过彼此间的特定距离或序列长度相关。