[发明专利]定量核酸酶保护测定（QNPA）和测序（QNPS）的改进

摘要

本公开内容提供了对定量核酸酶保护测定（qNPA）和定量核酸酶保护测序（qNPS）方法的改进。所公开的方法使用包括5′末端和/或3′末端侧翼序列的核酸酶保护探针（NPP），其提供了通用杂交和/或扩增序列。所公开的方法可用于对靶核酸分子进行测序或检测，例如存在于固定的或不可溶样品中的那些。

主权项

一种确定样品中至少一种靶核酸分子的序列的方法，包括：使所述样品与至少一种包含侧翼序列的核酸酶保护探针（NPPF）在足以使所述NPPF特异性结合至所述靶核酸分子的条件下接触，其中所述NPPF包含：5′末端和3′末端，与所述靶核酸分子的一个区域互补的序列，使得所述NPPF和所述靶核酸分子之间能够特异性结合，位于与所述靶核酸分子互补的序列的5′、3′或5′和3′的侧翼序列，其中所述侧翼序列包含未在所述样品中的核酸分子中发现的至少12个连续核苷酸，所述至少12个连续核苷酸提供了通用扩增序列，并且其中所述侧翼序列与扩增引物的至少一部分互补；使所述样品与包含同所述侧翼序列互补的序列的核酸分子（CFS）在足以使所述侧翼序列特异性结合至所述CFS的条件下接触；使所述样品与特异性针对单链核酸分子的核酸酶在足以除去未结合的核酸分子的条件下接触，从而产生包含与所述靶核酸分子和CFS杂交的NPPF的经消化的样品；用所述扩增引物扩增所述经消化的样品中的NPPF，从而产生NPPF扩增子，其中至少一个扩增引物包含与所述NPPF的侧翼序列互补的区域；和对所述NPPF扩增子的至少一部分进行测序，从而确定所述样品中至少一种靶核酸分子的序列。