[发明专利]一种验证CIDEC基因5端调控区单核苷酸多态性位点遗传效应的方法与应用

摘要

本发明公开了一种验证黄牛CIDEC基因SNPs位点遗传效应的方法，以包含CIDEC基因的黄牛全基因组DNA为模板，以引物对P为引物，PCR扩增黄牛CIDEC基因不同单倍型；用限制性内切酶KpnI和XhoI分别消化PCR扩增产物和pGL3-Basic空载体后，再使用DNA连接酶将不同单倍型连接到pGL3-Basic载体上，构建pGL3-Basic-CIDEC-H1、H2、H3、H4、H8、H9表达载体，将构建成功的表达载体转染至3T3-L1细胞中，使用双荧光报告系统试剂盒检测不同单倍型的转录活性。综合不同单倍型的转录活性，以及SNP位点改变顺式作用元件的信息来验证关联分析结果。本发明提供的检测方法为验证CIDEC基因的单核苷酸多态性遗传效应奠定了基础，以便用于中国黄牛肉用生长性状的标记辅助选择（MAS），快速建立遗传资源优良的黄牛种群。

主权项

黄牛CIDEC基因（AC_000179.1）5端调控区有十处SNP位点：g.‑501G>A;‑546T>C;‑643T>G;‑714T>C;‑727C>T;‑762C>T;‑763C>T;‑841T>C;‑956G>A;‑974C>T，这十处SNP位点在南阳牛群体中共形成了九种单倍型，其中单倍型5，6，7频率过低，所以在转录活性分析中只分析了单倍型1，2，3，4，8，9六种。