[发明专利]一种利用网络结构信息识别显著生物通路的方法

摘要

本发明公开了一种利用网络结构信息识别显著生物通路的方法，包括以下步骤：输入基因芯片数据；将基因芯片中测量的所有基因归属到已知的生物通路集合中；使用网络结构信息计算每条生物通路的差异性；构造随机对照数据，计算随机情况下每条生物通路差异性的分布，并且计算p值；对原始p值进行校正；判断每条生物通路的显著性是否符合阈值要求，如果判断结果为否，则抛弃；如果判断结果为是，则输出识别结果。本发明方法能够有效识别当生物条件发生变化时被显著影响的生物通路，同时也能从多种角度发现导致这些生物通路发生变化的关键基因和调控路径。

主权项

一种利用网络结构信息识别显著生物通路的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤（1），输入基因芯片数据，选择基因ID类型；步骤（2），整理和使用公共的生物通路数据集，将基因芯片所含基因归属到所属已知的生物通路中；步骤（3），使用生物通路的网络结构信息和基因芯片的表达信息计算每条生物通路的差异性总得分；步骤（4），构建随机对照数据，计算每条生物通路的显著性p值；步骤（5），对计算出的p值进行多假设检验的FDR控制，即对原始p值进行校正；步骤（6），根据设定的修正后的p值的阈值，判断每条生物通路的显著性是否符合阈值要求，如果判断结果为否，则抛弃；如果判断结果为是，则输出识别结果。