[发明专利]组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法

摘要

本发明揭示了一种组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，基于各种高通量测序平台数据的图形化HLA分型软件，在临床或生物医学上均具有重要的意义。相比传统的PCR-SBT方法测序方法，高通量测序技术无论在经济成本还是时间成本上，均具有显著的优势。高通量测序技术只需通过一次实验就能够读取数千份样本的HLA序列数据，并一次性达到HLA分型的高分辨率，同时还可发现新的等位基因。在检测通量、数据质量、成本控制等方面都有质的飞跃，真正做到了“低分价格，高分数据”，能避免多次配型给患者造成的额外经济负担，同时快捷的分型方法，也能减少查找与患者HLA匹配的供者的周期，为治疗争取了宝贵的时间。

主权项

组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，针对已知并已被收录的HLA等位基因型，其特征在于包括步骤：Ⅰ、采用高通量测序平台扩增测序得到reads序列片段；Ⅱ、以最新的IMGT/HLA数据库中包含的HLA等位基因为参考序列，将步骤Ⅰ测序得到的reads序列片段与参考序列采用核酸序列比对工具进行比对，得到比对结果；Ⅲ、对比对结果进行错配、最佳匹配、长度和/或尾端匹配的多重筛选、过滤优化；Ⅳ、定义central reads、所有reads的最小测序覆盖深度MCOR、central reads的最小测序覆盖深度MCCR，计算经步骤Ⅲ过滤后每条参考序列的MCOR和MCCR值，并舍弃MCOR小于20且MCCR小于10的参考序列，对余下的参考序列，列出同一HLA基因座位所有的可能组合，包括单一序列的纯合子及两两组合的杂合子，计算每种组合的不同reads的数目，reads数目最多的组合判定为相应的HLA等位基因型，其中central reads指的是在某个给定位点，参与比对的reads在给定位点左边的序列长度与右边的长度之比在0.5~2之间。