[发明专利]白血病融合基因的检测方法及其引物、探针和基因芯片

摘要

本发明公开了一种多重RT‑PCR联合基因芯片检测白血病融合基因的方法，步骤包括：1）抽提样本细胞总RNA；2）RNA特异性逆转录为cDNA；3）多重RT‑PCR扩增cDNA；4）用含检测白血病融合基因的特异性探针的基因芯片检测PCR扩增产物。本发明还公开了上述方法所用的探针、引物和基因芯片。本发明采用一管巢式多重PCR，扩增样本中可能含有的特异性融合基因片段，再通过基因芯片杂交和芯片扫描图像分析，获得融合基因检测结果，如此实现了15个白血病融合基因的27种及以上不同融合形式的特异性片段的同时检测，从而大大提高了白血病融合基因的检测效率，有利于大规模的临床筛选。

主权项

1.用于非诊断目的的多重RT‑PCR联合基因芯片检测多种融合基因的方法，其特征在于，步骤为：1)抽提样本细胞总RNA；2)将步骤1)得到的RNA特异性逆转录为cDNA，RNA逆转录为cDNA的引物组合为如SEQ ID No：1～16所示的序列或其完全互补链；3)以cDNA为模板，进行两轮巢式多重RT‑PCR扩增反应，PCR引物组合为如SEQ ID No：17～30所示序列或其完全互补链；4)用含有一条以上检测融合基因的特异性探针的基因芯片检测PCR扩增产物中是否含有相应的融合基因片段，所述特异性探针的序列为如SEQ ID No：31～80所示的序列或其完全互补链，探针5’端修饰有氨基；所述步骤3)，第一轮PCR体系20μl，包括：1μl cDNA、3pmol各种PCR引物、4pmol SP6、11mM Tris‑HCl、55mM KCl、1.5mM MgCl2、15％DMSO、0.4mM dNTP和1.25U ExTaq HS酶；第二轮PCR体系20μl，包括：1μl第一轮PCR产物、10mM Tris‑HCl、50mM KCl、1.5mM MgCl2、0.2mM dNTP、2pmol T7和2pmol标记生物素的SP6和1U ExTaq HS酶；第一轮PCR程序包括25圈循环，第二轮PCR程序包括30圈循环，每圈循环包括：95℃变性30秒，55℃退火40秒，72℃延伸1分钟；循环结束后，均在72℃延伸7分钟。