[发明专利]一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定的方法有效
申请号: | 201310660177.X | 申请日: | 2013-12-05 |
公开(公告)号: | CN103605913B | 公开(公告)日: | 2017-04-12 |
发明(设计)人: | 孙秀俊;杨爱国;吴彪 | 申请(专利权)人: | 中国水产科学研究院黄海水产研究所 |
主分类号: | G06F19/24 | 分类号: | G06F19/24;G06F19/28;C12Q1/68 |
代理公司: | 北京科亿知识产权代理事务所(普通合伙)11350 | 代理人: | 李素红 |
地址: | 266071 山*** | 国省代码: | 山东;37 |
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摘要: | 一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定方法,本发明属于基因组分子标记技术领域,具体步骤如下1)在Illumina GoldenGate方法获得的SNP数据库中,搜索一类和二类SNP突变位点;2)建立子代和亲本的基因型数据库文件,利用Cervus3.0软件获得各SNP位点的遗传参数;3)利用Cervus3.0软件,根据各位点的等位基因频率进行家系模拟鉴定分析,然后进行实际家系鉴定分析,计算候选亲本对的LOD值,选择LOD值最高且为正值的亲本对作为真正父母本。本发明开发出一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定的SNP标记方法,并优化了其反应体系和PCR扩增条件,经实验证明这些引物具有重复性好、稳定性高、溶解曲线分辨率高等特点,为太平洋牡蛎的家系选育奠定基础。 | ||
搜索关键词: | 一种 适用于 太平洋 牡蛎 家系 鉴定 方法 | ||
【主权项】:
一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定方法,其特征在于具体步骤如下:1)在Illumina GoldenGate方法获得的SNP数据库中,搜索一类和二类SNP突变位点,所述的突变位点为C/T&G/A和C/A&G/T;2)建立子代和亲本的基因型数据库文件,利用Cervus3.0软件获得各SNP位点的遗传参数;3)利用Cervus3.0软件,根据各位点的等位基因频率进行家系模拟鉴定分析,然后进行实际家系鉴定分析,计算候选亲本对的LOD值,选择LOD值最高且为正值的亲本对作为真正父母本,计算家系鉴定成功率;所述的实际家系鉴定分析的步骤包括提取亲本和子代的DNA,构建PCR反应体系,在Roche LightCycler480进行HRM分析;所述的实际家系鉴定分析中的PCR引物为表1中的任何一对;表1 太平洋牡蛎家系鉴定体系的38个SNP标记的引物信息
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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