[发明专利]一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定的方法有效

专利信息
申请号: 201310660177.X 申请日: 2013-12-05
公开(公告)号: CN103605913B 公开(公告)日: 2017-04-12
发明(设计)人: 孙秀俊;杨爱国;吴彪 申请(专利权)人: 中国水产科学研究院黄海水产研究所
主分类号: G06F19/24 分类号: G06F19/24;G06F19/28;C12Q1/68
代理公司: 北京科亿知识产权代理事务所(普通合伙)11350 代理人: 李素红
地址: 266071 山*** 国省代码: 山东;37
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摘要: 一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定方法,本发明属于基因组分子标记技术领域,具体步骤如下1)在Illumina GoldenGate方法获得的SNP数据库中,搜索一类和二类SNP突变位点;2)建立子代和亲本的基因型数据库文件,利用Cervus3.0软件获得各SNP位点的遗传参数;3)利用Cervus3.0软件,根据各位点的等位基因频率进行家系模拟鉴定分析,然后进行实际家系鉴定分析,计算候选亲本对的LOD值,选择LOD值最高且为正值的亲本对作为真正父母本。本发明开发出一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定的SNP标记方法,并优化了其反应体系和PCR扩增条件,经实验证明这些引物具有重复性好、稳定性高、溶解曲线分辨率高等特点,为太平洋牡蛎的家系选育奠定基础。
搜索关键词: 一种 适用于 太平洋 牡蛎 家系 鉴定 方法
【主权项】:
一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定方法,其特征在于具体步骤如下:1)在Illumina GoldenGate方法获得的SNP数据库中,搜索一类和二类SNP突变位点,所述的突变位点为C/T&G/A和C/A&G/T;2)建立子代和亲本的基因型数据库文件,利用Cervus3.0软件获得各SNP位点的遗传参数;3)利用Cervus3.0软件,根据各位点的等位基因频率进行家系模拟鉴定分析,然后进行实际家系鉴定分析,计算候选亲本对的LOD值,选择LOD值最高且为正值的亲本对作为真正父母本,计算家系鉴定成功率;所述的实际家系鉴定分析的步骤包括提取亲本和子代的DNA,构建PCR反应体系,在Roche LightCycler480进行HRM分析;所述的实际家系鉴定分析中的PCR引物为表1中的任何一对;表1 太平洋牡蛎家系鉴定体系的38个SNP标记的引物信息
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