[发明专利]一种利用SNP开发与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记的方法有效
| 申请号： | 201410220172.X | 申请日： | 2014-05-22 |
| 公开（公告）号： | CN103966335A | 公开（公告）日： | 2014-08-06 |
| 发明（设计）人： | 邓志英;田纪春;陈芳;李文静;陈建省 | 申请（专利权）人： | 山东农业大学 |
| 主分类号： | C12Q1/68 | 分类号： | C12Q1/68 |
| 代理公司： | 济南金迪知识产权代理有限公司 37219 | 代理人： | 朱家富 |
| 地址： | 271000 *** | 国省代码： | 山东;37 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种利用SNP开发与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记的方法，步骤如下：(1)根据待开发样品的已知SNP分子标记在遗传图谱上的位置，查找获得SNP标记延伸序列；(2)将SNP标记延伸序列在待开发样品的基因组测序数据库进行比对，选取序列片段；(3)以重复序列长度≥20bp，对完全型、不完全型、复合型三种SSR进行查找，获得SSR位点；(4)根据SSR位点的侧翼区域设计引物，经PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰的，获得待验证分子标记；(5)利用待验证分子标记的引物，制得SNP-SSR分子标记。本发明所述方法能够快速大量的筛选与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 利用 snp 开发 紧密 连锁 ssr 分子 标记 方法 | ||
【主权项】：
一种利用SNP开发与SNP紧密连锁的SNP‑SSR分子标记的方法，其特征在于，步骤如下：(1)根据待开发样品的已知SNP分子标记在遗传图谱上的位置确定该标记所在区段对应的已知遗传物理图谱的近缘物种的位置，查找获得SNP标记延伸序列；(2)将步骤(1)的SNP标记延伸序列在待开发样品的基因组测序数据库进行比对，根据相似度≥99％的条件，选取长度范围为50kb到100kb的序列片段；(3)以重复序列长度≥20bp，按照二碱基重复型的重复次数不小于10次，三碱基重复型的重复次数不小于7次，四碱基重复型的重复次数不小于5次的标准，对完全型、不完全型、复合型三种SSR进行查找，获得SSR位点；(4)根据步骤(3)获得的SSR位点的侧翼区域设计引物，经PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰的，获得待验证分子标记；(5)利用步骤(4)的待验证分子标记的引物，PCR扩增不同品系的待开发样品，选取结果具有多样性的分子标记，制得SNP‑SSR分子标记。
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