[发明专利]基于质荷比误差识别能力的蛋白质二级质谱鉴定方法

摘要

本发明公开了一种基于质荷比误差识别能力的蛋白质二级质谱鉴定方法，包括如下步骤虚拟酶解蛋白质数据库序列，根据肽段的质量数对酶解后的肽段建立肽段数据库和肽段数据库索引，根据待分析实验图谱中母离子去电荷后的质量数在建立的肽段数据库中找出符合要求的候选肽段，进行去同位素峰和选取有效峰处理，产生符合候选肽段理论图谱的实验标记图谱，统计不同离子的质量误差信息，计算出不同离子类型在不同区间内的质荷比误差识别能力，对每个候选肽段基于质荷比误差识别能力进行打分，选择得分最高的肽段作为此实验图谱的鉴定结果，对鉴定结果进行整体质量控制。该方法鉴定的有效图谱数量和肽段数量均高于目前算法，且可动态选峰，运行速度快。

主权项

一种基于质荷比误差识别能力的蛋白质二级质谱鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)虚拟酶解蛋白质数据库序列，并根据肽段的质量数对酶解后的肽段建立肽段数据库和肽段数据库索引；(2)根据待分析实验图谱中母离子去电荷后的质量数在步骤(1)所述的肽段数据库中找出符合要求的候选肽段；(3)对待分析实验图谱进行去同位素峰和选取有效峰处理；(4)产生符合候选肽段理论图谱的实验标记图谱；(5)统计不同离子的质量误差信息，并计算出不同离子类型在不同区间内的质荷比误差识别能力；1)统计实验峰质量误差信息以及实验峰与理论峰正确匹配与错误匹配峰数目，并将质量误差等划分为10个区间：[0,0.05],[0.05,0.1],[0.1,0.15],[0.15,0.2],[0.2,0.25],[0.25,0.3],[0.3,0.35],[0.35,0.4],[0.4,0.45],[0.45,0.5]2)定义质荷比误差识别能力，并计算出不同离子类型在不同区间内的质荷比误差识别能力；理论碎片离子与实验图谱质量误差识别能力的计算：Tij＝N(rij)/N(eij)，j＝1,2,...,10其中，j为第j个区间j∈[1,10],j∈Z+；i为第i种离子类型i∈b/b‑H2O/b‑NH3/y/y‑H2O/y‑NH3；N(rij)为离子类型i在区间j中正确匹配峰的数目；N(eij)为离子类型i在区间j中错误匹配峰的数目；Tij为离子类型i在区间j中的质荷比误差识别能力；(6)对每个候选肽段基于质荷比误差识别能力进行打分，选择得分最高的肽段作为此实验图谱的鉴定结果，并对鉴定结果进行整体判定；打分过程包括：基于质荷比误差识别能力的匹配打分、基于质荷比误差识别能力的连续匹配打分以及基于质荷比误差识别能力的b、y离子匹配打分；1)基于质荷比误差识别能力的匹配打分：S0=k00.1811n0ΣlIl]]>其中，k0为实验图谱匹配峰数目；n0为理论图谱峰数目；Il＝Tij表示离子类型i在区间j的质荷比误差识别能力；ΣIl为实验图谱与理论图谱匹配中每个匹配峰的质荷比误差识别能力之和，是基于各个区间匹配离子峰质荷比误差识别能力的总的识别能力；0.1811为随机匹配概率值，等于随机肽段实验图谱匹配峰数目除以理论图谱峰数目；2)基于质荷比误差识别能力的连续匹配打分：S1=k10.0828n1Σl(Im+Ip)]]>其中，k1为实际连续匹配峰数目；n1为理论连续峰数目；为连续匹配离子质荷比误差识别能力之和；0.0828为随机匹配概率值，随机肽段实验图谱连续匹配峰数目除以理论连续峰数目；3)基于质荷比误差识别能力的离子匹配打分S2=k2(ΣlIbl+ΣlIyl)0.0604n2]]>其中，k2为b、y离子实际匹配峰数目；n2为理论图谱b、y离子峰数目；为匹配b、y离子对应的质荷比误差识别能力之和；0.0604为随机匹配概率值，等于随机肽段b、y离子匹配峰数目除以其理论b、y离子峰数目；4)基于质荷比误差识别能力总分函数：Sp＝0.01*(S0+S1+S2)；5)根据总打分函数选择得分最高的肽段作为此实验图谱的鉴定结果；6)对鉴定结果采用FDR<<0.01进行判定，并生成最终鉴定结果。