[发明专利]一种基于决策树判别环境中化合物对非洲爪蟾是否具有雌激素效应的方法在审
| 申请号： | 201410321359.9 | 申请日： | 2014-07-07 |
| 公开（公告）号： | CN104102828A | 公开（公告）日： | 2014-10-15 |
| 发明（设计）人： | 林志芬;丛永平;郑晓峰;尹大强;陈瑞 | 申请（专利权）人： | 同济大学 |
| 主分类号： | G06F19/00 | 分类号： | G06F19/00 |
| 代理公司： | 上海智信专利代理有限公司 31002 | 代理人： | 吴林松 |
| 地址： | 200092 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 一种基于决策树判别环境中化合物对非洲爪蟾是否具有雌激素效应的方法，包括步骤：对非洲爪蟾雌激素受体蛋白ERβ进行同源建模及评价；运用分子模拟软件DS获取化合物的物理参数，以及化合物对小鼠、非洲爪蟾的结合能，分析小鼠-化合物的结合能与非洲爪蟾-化合物的结合能的线性关系；通过化合物对小鼠的物理参数和结合能建立化合物对小鼠有无雌激素效应的决策树；利用小鼠和非洲爪蟾结合能之间的线性关系，构建化合物对非洲爪蟾有无雌激素效应的决策树。本发明适用范围广，无需复杂的检测设备，不造成试验和环境污染，建立简便、快捷的化合物对非洲爪蟾雌激素效应的判断方法，为实施具有雌激素效应污染物的排放、生态风险评价提供科学依据。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 决策树 判别 环境 化合物 非洲 是否 具有 雌激素 效应 方法 | ||
【主权项】：
一种基于决策树判别环境中化合物对非洲爪蟾是否具有雌激素效应的方法，其特征在于：包括以下步骤：(1)对非洲爪蟾雌激素受体蛋白ERβ进行同源建模及评价；(2)运用分子模拟软件DS获取化合物的物理参数，以及化合物对小鼠、非洲爪蟾的结合能，分析小鼠‑化合物的结合能与非洲爪蟾‑化合物的结合能的线性关系；(3)通过化合物对小鼠的物理参数和结合能建立化合物对小鼠有无雌激素效应的决策树；(4)利用小鼠和非洲爪蟾结合能之间的线性关系，构建化合物对非洲爪蟾有无雌激素效应的决策树。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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