[发明专利]基于RAD图谱完善SSR图谱的方法

摘要

本发明涉及一种基于RAD图谱完善SSR图谱的方法，获得样品的SSR图谱和RAD图谱，判断各scaffold所对应的真实连锁群和冲突连锁群，建立SSR连锁群和RAD连锁群的一一对应关系；根据无冲突的scaffold的标记的遗传距离和标记在scaffold上的物理位置，通过计算确定各scaffold在连锁群内的排列顺序和方向，已建立一一对应关系的SSR连锁群和RAD连锁群，以SSR图谱中的SSR连锁群内的scaffold为骨架，将RAD连锁群内除共有scaffold外的其他scaffold补充到SSR图谱的SSR连锁群中，组装成整合图谱，从而得到染色体组装序列。本发明的基于RAD图谱完善SSR图谱的方法将SSR图谱信息和RAD图谱信息整合在一起，相互纠正，相互补充，可以有效地提高图谱精度和图谱长度的。

主权项

一种基于RAD图谱完善SSR图谱的方法，其特征在于，包括以下具体步骤：A．采用现有的SSR测序方法和RAD测序方法分别对样品进行测序获得样品的SSR图谱和RAD图谱；B．在SSR图谱和RAD图谱中，分别确定标记在各scaffold上的物理位置，统计scaffold在连锁群上的分布，确定scaffold与连锁群的对应关系；C．在SSR图谱和RAD图谱中，判断各scaffold所对应的真实连锁群和冲突连锁群；当真实SSR连锁群和真实RAD 连锁群有共有的scaffold时，建立SSR连锁群和RAD连锁群的一一对应关系；当scaffold有冲突连锁群时，去除冲突连锁群中所述scaffold的标记，得到无冲突的scaffold的标记；D．在SSR图谱和RAD图谱中，分别根据无冲突的scaffold的标记的遗传距离，确定各scaffold在连锁群内的排列顺序；E．在SSR图谱和RAD图谱中，分别根据无冲突的scaffold的标记的遗传距离和标记在scaffold上的物理位置，确定各scaffold在连锁群内的方向；F. 已建立一一对应关系的SSR连锁群和RAD连锁群，根据SSR图谱和RAD图谱中各scaffold在连锁群内的排列顺序和方向，以SSR图谱中的SSR连锁群内的scaffold为骨架，将RAD连锁群内除共有scaffold外的其他scaffold补充到SSR图谱的SSR连锁群中，组装成整合图谱；G．将整合图谱中的scaffold连接起来，得到染色体组装序列；所述步骤E中，判断所述scaffold在连锁群内的方向的具体步骤是：分别计算出无冲突的scaffold的标记的遗传距离，将各标记的遗传距离从小到大排列得到标记在连锁群内的遗传距离序号，再根据所述标记在连锁群内的遗传距离序号和在所述scaffold上的物理位置计算出相关系数；所述相关系数的计算公式是：，其中，xi是所述scaffold上的第i个标记的遗传距离序号，yi是所述scaffold上的第i个标记在scaffold上的物理位置，n是所述scaffold上的标记数，rx,y是所述scaffold的相关系数；当相关系数为正数时，所述scaffold的方向是正向的；当相关系数为负数时，所述scaffold的方向是反向的；当无法计算出相关系数时，所述scaffold的方向默认是正向的。