[发明专利]一种检测或辅助检测疫霉属菌的方法

摘要

本发明提供一种检测或辅助检测疫霉属菌的方法，涉及生物技术领域。本发明方法包括如下步骤：将疫霉菌属各菌的DNA条形码序列进行多重序列比对，找出每个种的特异性碱基位点，同时得到一致性序列；所述每个种的特异性碱基位点包括差异性碱基位点、SNP位点；将待测菌的DNA条形码序列与一致性序列进行比对，调整长度得到定位序列；将定位序列与每个种的特异性碱基位点进行比对，对待测菌与各种的碱基相似度进行打分，取最大值，待测菌隶属于最大值对应的种。本发能够鉴定疫霉属菌各菌，操作简单、准确性高、耗时短、特异性好。

主权项

一种检测或辅助检测疫霉属菌的方法，包括如下步骤：（1）下载已经公开的疫霉菌属菌的DNA条形码序列；（2）将疫霉菌属各菌的DNA条形码序列进行多重序列比对，找出每个种的特异性碱基位点，同时得到一致性序列；所述每个种的特异性碱基位点包括差异性碱基位点、SNP位点，所述差异性碱基位点是指DNA条形码序列在种内相同、种间不同的碱基位点，所述SNP位点为种内各菌株DNA条形码序列分别与属内除自身菌株外其他菌株DNA条形码序列均不同的碱基位点；（3）将待测菌的DNA条形码序列与一致性序列进行比对，在缺失位点插入“‑”调整待测菌的DNA条形码序列长度等同于一致性序列，调整长度后的序列为定位序列；（4）将定位序列与每个种的特异性碱基位点进行比对，按照函数对待测菌与各种的碱基相似度进行打分，其中score(i)表示定位序列与i种的特异性碱基位点比对得分值，i表示疫霉菌属的某个种，j表示定位序列中的碱基位点，pij表示定位序列在碱基位点j处的分值，当j为SNP位点时，如果定位序列在j处碱基与SNP位点碱基相同，则pij为3，否则pij为‑3；当j为差异性碱基位点时，如果定位序列在j处碱基与差异性碱基位点碱基相同时，pij为1，否则pij为‑1；当j为其他位点时，pij为0；所述为所有碱基位点的pij分值之和；（5）取score（i）最大值，待测菌隶属于score（i）最大值对应的种。