[发明专利]全基因组Alu元件检测技术

摘要

本发明提供了一种新的方法，根据Alu绝大多数子家族(除了AluYd3、AluYd3a1、AluJo和AluJb这四个含量低于1％并且在基因组中不活跃的子家族之外，余下的Alu子家族，覆盖达99％以上)共有序列设计引物，利用半巢式PCR特异性地捕获到几乎全部Alu子家族的序列。

主权项

一种利用半巢式PCR特异性地捕获Alu子家族序列的方法，所述方法包括：利用第一至第四引物进行半巢式PCR扩增，其中第一轮PCR的引物是第一引物和第二引物，第二轮PCR的引物是第三引物和第四引物，所述第一至第四引物是，(1)第一引物，针对Alu共有序列的5’端基因组序列进行设计，其中所述共有序列在15bp以上，并且具有一定的碱基复杂度和40％‑60％的GC含量；(2)第二引物，能退火结合到Alu共有序列的3’端基因组序列的随机碱基引物，该引物5’端含有测序平台的引物序列，而3’端含有5个锚定碱基并且紧邻着5‑6个随机碱基；(3)第三引物，所述引物的3’端能退火到Alu共有序列上，并且靠近Alu共有序列的3’端序列，所述引物的5’端包含测序平台的引物序列；(4)第四引物，测序平台公用引物，所述引物连接有测序平台的接头序列。