[发明专利]一种黄颡鱼微卫星家系鉴定方法

摘要

本发明公开了一种黄颡鱼微卫星家系鉴定方法，它包括黄颡鱼亲本和子代基因组DNA提取、多态性微卫星标记筛选和引物合成、微卫星位点基因分型及家系鉴定等步骤，本发明采用了6对微卫星引物，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1－12所示。本发明首次在黄颡鱼上利用荧光标记的多态微卫星标记建立了亲子鉴定平台，其鉴定准确率达到了98.9％，能快速、高效地鉴别黄颡鱼不同家系，为黄颡鱼的选育和繁殖配组提供了依据。本发明选择的微卫星位点等位基因数目较多，多态性高，可以用于黄颡鱼的群体遗传学评价、系谱认证、亲子鉴定，也能够用于分子标记辅助家系管理和分子标记辅助亲本选择。

主权项

一种黄颡鱼微卫星家系鉴定方法，其特征在于包括如下步骤：1)黄颡鱼亲本和子代基因组DNA提取剪取用于构建家系的黄颡鱼亲本的鳍条组织，以及将子代全鱼去头和内脏，采用醋酸铵法提取亲本和子代的基因组DNA，检测质量和浓度后，稀释至100ng/μl；2)多态性微卫星标记筛选和引物合成选取6对微卫星引物，按照片段大小分为2组，在正向引物的5’端分别用FAM、HEX、TAMRA三种不同的荧光基团进行修饰，用于PCR分析；3)微卫星位点基因分型及家系鉴定采用荧光PCR反应对亲本及子代的DNA样品进行PCR扩增，扩增产物按照步骤2)中所选微卫星引物分组的方法进行混合，作为上机检测的样品，样品在ABI3730XL基因分析仪上进行分型，用GS‑500作为内参，用GeneMarker V1.5软件读取每个样品的基因型，采用CERVUS 3.0软件对亲本基因型和子代基因型进行分析，判定子代个体的父母本，所述的6对微卫星引物的核苷酸序列分别为：第1对：正向引物如SEQ ID NO.1所示；反向引物如SEQ ID NO.2所示；第2对：正向引物如SEQ ID NO.3所示；反向引物如SEQ ID NO.4所示；第3对：正向引物如SEQ ID NO.5所示；反向引物如SEQ ID NO.6所示；第4对：正向引物如SEQ ID NO.7所示；反向引物如SEQ ID NO.8所示；第5对：正向引物如SEQ ID NO.9所示；反向引物如SEQ ID NO.10所示；第6对：正向引物如SEQ ID NO.11所示；反向引物如SEQ ID NO.12所示；其中，第1、2、4对为一组，第3、5、6对为另一组；第1、3对采用FAM荧光基团进行修饰；第2、5对采用HEX荧光基团进行修饰；第4、6对采用TAMRA荧光基团进行修饰。