[发明专利]一种基于全基因组STR建立动物亲权鉴定系统的方法

摘要

本发明涉及种质资源保护领域，特别涉及动物亲权鉴定领域，公开了一种基于全基因组STR建立动物亲权鉴定系统的方法，包括：1)全基因组STR位点查找；2)STR位点的初步筛选；3)引物设计；4)动物群体随机抽样并提取基因组DNA；5)STR位点群体多态性验证；6)对具有遗传多态性的STR位点进行哈迪-温伯格平衡检验，筛选出基因型频率分布满足哈迪-温伯格平衡的STR位点；7)STR位点的法医学学应用价值评价；8)建立STR亲权鉴定系统。该方法具有操作简便的优点，所构建亲权鉴定系统的非父排除率可达0.99以上，能准确进行动物亲权鉴定从而可用于指导珍稀物种的繁育及经济类物种的鉴别及育种。

主权项

一种基于全基因组STR建立动物亲权鉴定系统的方法，其特征在于，包括以下步骤：1)全基因组STR位点查找：通过串联重复序列查找软件Tandem Repeat Finder(TRF)在所研究物种全基因组参考序列中寻找所有STR位点；2)STR位点的初步筛选：统计出该物种全基因组参考序列中重复单位为4个碱基的STR位点，并从中随机选取50～300个STR位点；3)引物设计：对于步骤2)中所选取的每一个STR位点，在串联重复序列前后两端200碱基长度的保守序列内，分别设计用于多核苷酸扩增反应的正向引物和反向引物；4)动物群体随机抽样并提取基因组DNA：在所研究的动物群体中通过随机抽样的方式获得样本，并提取样本中所有个体的基因组DNA；5)STR位点群体多态性验证：①使用步骤3)中的引物分别扩增样本中所有个体的基因组DNA目标基因组区域；②扩增产物经分离后进行基因分型；③以片段大小作为等位基因，计算各STR位点等位基因分布频率；6)采用皮尔森卡方检验对步骤5)中各STR位点的基因型分布频率进行哈迪‑温伯格平衡检验，筛选出符合哈迪‑温伯格平衡的STR位点；7)STR位点的法医学学应用价值评价：对步骤6)中筛选出的符合哈迪‑温伯格平衡的STR位点分别计算其法医学参数；8)建立STR亲权鉴定系统：根据法医学参数，选取若干独立位点，使得累积排除概率大于0.99，由这些位点及对应的引物组成该物种的STR亲权鉴定系统。