[发明专利]一种RNA编辑事件识别方法

摘要

本发明涉及分子遗传学和信息技术领域，使用计算机信息技术解决分子遗传学中的RNA编辑事件的识别问题。本发明提出了一种系统整合的RNA编辑事件识别机制，以及其高效率实现的解决方案。本发明提出的机制包括规则型滤除算法和统计型滤除算法两大模块，其中规则型模块考虑测序的实际特点和可能变异位点在基因中的分布，并对可能变异位点设定规则进行约束；统计型模块则在规则型模块处理后，对符合规则约束的位点进行统计学计算，并根据结果判断是否落入拒绝域，确定可能变异位点是否被滤除。为了实现上述机制，本发明还提出了一种高效率的识别机制实现方案。即使用高级编程语言、数据库和统计学工具相结合的方式实现相应算法模块。

主权项

1.一种RNA编辑事件识别方法，其源数据使用Variant Calling Format格式，从测序位点的自然属性和统计学计算后的数学属性两方面出发，识别出潜在的RNA编辑位点；识别方法包括规则型和统计型两类滤除算法模块，支持De novo模式和DNA‐RNA模式的处理，其中，De novo模式是指源数据仅包括RNA测序数据，DNA‐RNA模式是指源数据包括RNA和DNA测序数据；两类滤除算法模块又分别细分为公共和专有两种子模块，其中公共子模块用于两种模式中，仅对RNA测序数据进行滤除处理，而专有子模块仅用于DNA‐RNA模式中，在公共子模块基础上同DNA测序数据进行比对，实施进一步的滤除功能。