[发明专利]使用纳米粒子辅助信号放大的RNA微芯片检测

摘要

公开用于检测样品中的RNA的方法和材料。在一些形式中，所述方法涉及(a)使所述样品和探针阵列接触，(b)使所述探针阵列和对RNA/DNA杂交体具有特异性的核糖核酸酶(如RNA酶H)接触，(c)使所述探针阵列、标记核苷酸以及能够使用DNA模板延伸RNA链并且能够在来自所述RNA链的延伸物中并入所述标记核苷酸的核酸聚合酶(如克列诺(Klenow)片段DNA聚合酶)接触，以及(d)检测延伸核酸链中的所述标记核苷酸。所述探针阵列包含一个或多个嵌合探针。所述嵌合探针包含DNA区域和RNA区域，其中所述DNA区域和所述RNA区域相邻，并且其中所述DNA区域是所述RNA区域的5'。所述嵌合探针还可以包括第二DNA区域。所述第二DNA区域还可以与所述RNA区域相邻并且可以是所述RNA区域的3'。

主权项

一种检测样品中的RNA的方法，所述方法包含：(a)使所述样品和探针阵列接触，其中所述探针阵列包含一个或多个嵌合探针，其中所述嵌合探针包含DNA区域和RNA区域，其中所述DNA区域和所述RNA区域相邻，其中所述DNA区域是所述RNA区域的5'，其中如果所述样品含有与所述嵌合探针中的至少一个的核苷酸序列互补的RNA分子，那么所述RNA分子将与所述互补嵌合探针杂交；(b)使所述探针阵列和对RNA/DNA杂交体具有特异性的核糖核酸酶接触，其中与所述嵌合探针的所述DNA区域杂交的所述RNA分子的部分被降解；(c)使所述探针阵列、标记核苷酸以及能够使用DNA模板延伸RNA链并且能够在来自所述RNA链的延伸物中并入所述标记核苷酸的核酸聚合酶接触，其中所述杂交RNA分子延伸形成延伸核酸链，其中至少一种标记核苷酸并入所述延伸核酸链中，其中所述标记核苷酸中的每一个包含第一标记；以及(d)通过使所述探针阵列和标记缀合物接触来检测所述延伸核酸链中的所述标记核苷酸，其中所述标记缀合物包含特异性结合分子和第二标记，其中所述特异性结合分子与所述第一标记结合，其中通过检测所述第二标记来检测所述延伸核酸链中的所述标记核苷酸，其中通过使所述探针阵列和检测缀合物接触来检测所述第二标记，其中所述检测缀合物包含聚集体，并且其中所述聚集体介导所述标记缀合物上的检测缀合物的聚集，其中在所述延伸核酸链中检测到所述标记核苷酸表示所述样品中的所述RNA分子的存在。