[发明专利]针对融合基因进行扩增子测序的引物设计方法

摘要

本发明公开了一种利用Ion Ampliseq^TM Designer工具来设计可用于融合基因的扩增子测序的引物的方法，所述方法包括1）确定融合基因序列信息；2）扩增子引物设计；3）正反向引物选择；4）引物及扩增子序列确认等步骤。本发明使得可以采用Ion Ampliseq^TM Designer工具来设计可用于融合基因的扩增子测序的引物，从而使得采用扩增子测序方法来检测融合基因成为可能，而突破现有融合基因检测的缺陷。

主权项

 一种针对融合基因进行扩增子测序的引物设计方法，所述方法是在Ion Ampliseq^TM Designer工具上进行的扩增子引物设计方法，其特征在于,所述方法包括以下步骤：1）确定融合基因序列信息，即确定发生融合的前基因A序列和后基因B序列以及融合位点，找到前基因Ａ和后基因Ｂ发生融合的外显子区序列，以及各自的染色体定位信息，即各自对应的染色体起点和终点位置；２）在Ion Ampliseq^TM Designer中输入前基因A和后基因B发生融合的外显子区的各自的染色体定位信息，分别设计出扩增子引物；３）根据基因A、基因B在染色体中定位的正负链信息，确定基因A、基因B分别应该选择正向引物还是反向引物，其中选择情况如下所示：染色体定位情况前基因A后基因B正链‑正链正向引物反向引物负链‑负链反向引物正向引物正链‑负链正向引物正向引物负链‑正链反向引物反向引物；４）引物及扩增子序列确认，即当引物设计完成之后，首先需要对并选择好的融合基因引物在融合基因的序列中进行位置查找，查看其扩增子长度，并判断扩增子长度范围。