[发明专利]高接合转移率的希瓦氏菌WP3菌株及其构建方法和应用有效
| 申请号： | 201510388165.5 | 申请日： | 2015-07-03 |
| 公开（公告）号： | CN105002129B | 公开（公告）日： | 2019-01-11 |
| 发明（设计）人： | 王风平;熊磊;蹇华哗 | 申请（专利权）人： | 上海交通大学;中国大洋矿产资源研究开发协会 |
| 主分类号： | C12N1/21 | 分类号： | C12N1/21;C12N15/70 |
| 代理公司： | 上海汉声知识产权代理有限公司 31236 | 代理人： | 郭国中;陈少凌 |
| 地址： | 200240 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明公开了一株高接合转移率希瓦氏菌WP3菌株及其构建方法和应用；所述构建方法包括以下步骤：对深海细菌希瓦氏菌WP3全基因组限制‑修饰系统相关基因进行预测；对预测到的三个限制酶基因分别设计基因敲除引物；以WP3ΔSW1为出发菌株，依次敲除所述的三个限制酶基因，相应获得限制酶基因缺失菌株，所述限制酶基因缺失菌株即为高结合转移率的菌株；相比于基因工程出发菌株WP3ΔSW1，本发明所得菌株结合转移效率明显提高，获得的单交换克隆子阳性率高，筛选单交换克隆子的工作量明显减少；在高结合转移率的菌株的基础上，通过同源重组至少可以一次性删除41kb的基因组DNA片段，有利于进一步的基因组改造。 | ||
| 搜索关键词： | 菌株 限制酶基因 转移率 构建 出发菌株 缺失菌株 接合 克隆子 敲除 基因组DNA片段 基因组改造 基因工程 全基因组 设计基因 深海细菌 同源重组 相关基因 修饰系统 转移效率 阳性率 一次性 预测 引物 工作量 应用 交换 删除 筛选 | ||
【主权项】：
1.一种高接合转移效率的耐压希瓦氏菌(Shewanella piezotolerans)WP3菌株的构建方法，其特征在于，包括如下步骤：以WP3ΔSW1为出发菌株，敲除限制内切酶基因，相应获得高接合转移率的菌株；所述方法具体包括以下步骤：步骤一，对深海细菌希瓦氏菌WP3全基因组限制‑修饰系统相关基因进行预测；步骤二，对预测到的三个限制内切酶基因分别设计基因敲除引物；步骤三，以WP3ΔSW1为出发菌株，依次敲除所述的三个限制内切酶基因，相应获得限制内切酶基因缺失菌株Δsw1Δswp840、Δsw1Δswp840Δswp2190、Δsw1Δswp840Δswp2190Δswp9，所述限制内切酶基因缺失菌株即为高接合转移率的菌株；其中，步骤二中，所述三个限制内切酶基因分别为swp0009基因、swp840基因、swp2190基因；步骤二中，基因敲除引物中所述swp0009基因的敲除引物为：上游引物如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示，下游引物如SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示；步骤二中，基因敲除引物中所述swp840基因的敲除引物为：上游引物如SEQ ID No.5和SEQ ID No.6所示，下游引物如SEQ ID No.7和SEQ ID No.8所示；步骤二中，基因敲除中所述swp2190基因的敲除引物为：上游引物如SEQ ID No.9和SEQ ID No.10所示，下游引物如SEQ ID No.11和SEQ ID No.12所示。
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