[发明专利]一种快速筛查疾病候选标志物或靶标的方法

摘要

本发明公开一种整合转录组、代谢组和KEGG数据快速筛查疾病候选标志物或靶标的方法。本发明的方法可以快速将转录组、代谢组和KEGG的数据整合，有效地找到KEGG中有差异基因和代谢物的位置，这样可以快速锁定不同组学水平数据吻合的关键机制和有效的候选标志物和靶标。相对于单组学水平的数据，不同组学水平数据整合相互佐证疾病机制后得到的标志物或靶标应该更加可信，更有应用前景。本发明方法就是整合了代谢组和转录组的数据来快速鉴定更有价值的疾病标志物或靶标。

主权项

一种整合转录组、代谢组和KEGG数据快速筛查疾病候选标志物或靶标的方法，其特征在于包括如下步骤：(1)整理代谢物数据：在HMDB中下载特定疾病的所有代谢物数据，并解压到一个文件A中；或用已有的代谢物信息按照HMDB相应格式整理好，放在一个文件A中；(2)下载和分析转录组数据：在NCBI GEO数据库对特定疾病的转录组数据进行检索，收集GEO数据；将GEO数据通过提取表达值，然后归一化之后，再进行t‑test的分析和贝叶斯平滑处理；最后提取出差异表达基因；将差异表达基因进行DAVID聚类分析，得到各基因所在KEGG通路的文件B；(3)将步骤(1)中的文件A和步骤(2)中的文件B在软件Association analysis中整理成标准的格式，然后读取数据并输出KEGG的通路图。