[发明专利]一套适于大白菜品种核酸指纹数据库构建的核心SNP标记及其应用

摘要

本发明公开了一套适于大白菜品种核酸指纹数据库构建的核心SNP标记及其应用。本发明基于10个白菜核心资源的重测序，发掘了白菜全基因组的序列变异，筛选了一套适于大白菜品种核酸指纹数据库构建的96组SNP核心引物。本发明的96组SNP核心引物具有较高的多态性信息量、最小等位基因频率以及较低的期望杂合度，能够准确的对329份商业品种进行鉴别，并且基因分型结果稳定。本发明提供的SNP位点和检测方法可应用于大白菜的遗传多样性分析和品种核酸指纹库构建等研究，可为新品种的特异性、一致性、稳定性检测体系的建立和新品种保护提供技术支持。同时，可建立对大白菜品种的高通量、低成本和标准化的检测体系。

主权项

1.大白菜基因组中的96个SNP位点在如下任一中的应用：（1）大白菜品种进行基因分型；（2）构建大白菜DNA指纹数据库；（3）大白菜种质资源遗传多样性分析和/或进化分析和/或聚类分析；（4）鉴别或辅助鉴别大白菜品种；（5）检测任意两个大白菜的相似性；所述96个SNP位点如下：SNP位点1为A01染色体上的第1248141位核苷酸；SNP位点2为A01染色体上的第4225329位核苷酸；SNP位点3为A01染色体上的第7102966位核苷酸；SNP位点4为A01染色体上的第9716212位核苷酸；SNP位点5为A01染色体上的第14897192位核苷酸；SNP位点6为A01染色体上的第16592150位核苷酸；SNP位点7为A01染色体上的第18635734位核苷酸；SNP位点8为A01染色体上的第22449302位核苷酸；SNP位点9为A01染色体上的第24456539位核苷酸；SNP位点10为A01染色体上的第26752589位核苷酸；SNP位点11为A02染色体上的第751652位核苷酸；SNP位点12为A02染色体上的第2421548位核苷酸；SNP位点13为A02染色体上的第6035955位核苷酸；SNP位点14为A02染色体上的第9423555位核苷酸；SNP位点15为A02染色体上的第11181828位核苷酸；SNP位点16为A02染色体上的第14862673位核苷酸；SNP位点17为A02染色体上的第18425637位核苷酸；SNP位点18为A02染色体上的第21426261位核苷酸；SNP位点19为A02染色体上的第23096858位核苷酸；SNP位点20为A02染色体上的第23181920位核苷酸；SNP位点21为A02染色体上的第25360564位核苷酸；SNP位点22为A03染色体上的第128271位核苷酸；SNP位点23为A03染色体上的第3151130位核苷酸；SNP位点24为A03染色体上的第4471683位核苷酸；SNP位点25为A03染色体上的第7828461位核苷酸；SNP位点26为A03染色体上的第12523505位核苷酸；SNP位点27为A03染色体上的第15431305位核苷酸；SNP位点28为A03染色体上的第18277222位核苷酸；SNP位点29为A03染色体上的第21003111位核苷酸；SNP位点30为A03染色体上的第23890389位核苷酸；SNP位点31为A03染色体上的第26316567位核苷酸；SNP位点32为A03染色体上的第30080620位核苷酸；SNP位点33为A04染色体上的第1223515位核苷酸；SNP位点34为A04染色体上的第6933634位核苷酸；SNP位点35为A04染色体上的第8662680位核苷酸；SNP位点36为A04染色体上的第9741929位核苷酸；SNP位点37为A04染色体上的第11311194位核苷酸；SNP位点38为A04染色体上的第12579896位核苷酸；SNP位点39为A04染色体上的第13764622位核苷酸；SNP位点40为A04染色体上的第14413900位核苷酸；SNP位点41为A05染色体上的第487586位核苷酸；SNP位点42为A05染色体上的第1283352位核苷酸；SNP位点43为A05染色体上的第2835432位核苷酸；SNP位点44为A05染色体上的第4379811位核苷酸；SNP位点45为A05染色体上的第8088873位核苷酸；SNP位点46为A05染色体上的第10705210位核苷酸；SNP位点47为A05染色体上的第14960042位核苷酸；SNP位点48为A05染色体上的第16182627位核苷酸；SNP位点49为A05染色体上的第19009544位核苷酸；SNP位点50为A05染色体上的第22962829位核苷酸；SNP位点51为A06染色体上的第18887位核苷酸；SNP位点52为A06染色体上的第6403261位核苷酸；SNP位点53为A06染色体上的第13545093位核苷酸；SNP位点54为A06染色体上的第14701558位核苷酸；SNP位点55为A06染色体上的第16193195位核苷酸；SNP位点56为A06染色体上的第18685199位核苷酸；SNP位点57为A06染色体上的第21632076位核苷酸；SNP位点58为A06染色体上的第23153503位核苷酸；SNP位点59为A06染色体上的第24717886位核苷酸；SNP位点60为A07染色体上的第246275位核苷酸；SNP位点61为A07染色体上的第1028346位核苷酸；SNP位点62为A07染色体上的第2970833位核苷酸；SNP位点63为A07染色体上的第6101124位核苷酸；SNP位点64为A07染色体上的第11498098位核苷酸；SNP位点65为A07染色体上的第14523031位核苷酸；SNP位点66为A07染色体上的第18060124位核苷酸；SNP位点67为A07染色体上的第19894600位核苷酸；SNP位点68为A07染色体上的第24460147位核苷酸；SNP位点69为A08染色体上的第100717位核苷酸；SNP位点70为A08染色体上的第2374634位核苷酸；SNP位点71为A08染色体上的第8933259位核苷酸；SNP位点72为A08染色体上的第10869244位核苷酸；SNP位点73为A08染色体上的第15287418位核苷酸；SNP位点74为A08染色体上的第16162051位核苷酸；SNP位点75为A08染色体上的第17179902位核苷酸；SNP位点76为A08染色体上的第20716882位核苷酸；SNP位点77为A09染色体上的第583658位核苷酸；SNP位点78为A09染色体上的第3817906位核苷酸；SNP位点79为A09染色体上的第5122605位核苷酸；SNP位点80为A09染色体上的第8876252位核苷酸；SNP位点81为A09染色体上的第8877380位核苷酸；SNP位点82为A09染色体上的第16265081位核苷酸；SNP位点83为A09染色体上的第18332606位核苷酸；SNP位点84为A09染色体上的第21636788位核苷酸；SNP位点85为A09染色体上的第26520788位核苷酸；SNP位点86为A09染色体上的第31873135位核苷酸；SNP位点87为A09染色体上的第34559009位核苷酸；SNP位点88为A09染色体上的第37238042位核苷酸；SNP位点89为A10染色体上的第617354位核苷酸；SNP位点90为A10染色体上的第5601251位核苷酸；SNP位点91为A10染色体上的第6477381位核苷酸；SNP位点92为A10染色体上的第8425118位核苷酸；SNP位点93为A10染色体上的第12492205位核苷酸；SNP位点94为A10染色体上的第13127812位核苷酸；SNP位点95为A10染色体上的第13859895位核苷酸；SNP位点96为A10染色体上的第15835648位核苷酸。