[发明专利]检测胎儿亚染色体非整倍性和拷贝数变异

摘要

公开了用于确定已知或疑似与多种医学病症，包括与亚染色体区的拷贝数变异(CNV)相关的综合征相关的CNV的方法。在一些实施方式中，提供方法用于使用包括母体和胎儿无细胞DNA的母体样品确定胎儿CNV。本文所述的一些实施方式提供方法通过去除样品内GC‑含量偏差来改善序列数据分析的灵敏度和/或特异性。在一些实施方式中，基于针对未受影响的训练组样品间共同的系统变异校正的序列数据去除样品内GC‑含量偏差。在一些实施方式中，也去除样品数据中的综合征相关偏差以增加信噪比。还公开了用于对感兴趣序列的CNV进行评价的系统。

主权项

一种在计算机系统上实施的方法，所述计算机系统包括一个或多个处理器和系统存储器，所述方法用于评价包含一个或多个基因组的核酸的测试样品中感兴趣序列的拷贝数，其中所述感兴趣序列在拷贝数变异与遗传综合征相关的亚染色体基因组区域中，所述方法包括：(a)接收通过对所述测试样品中的无细胞DNA进行测序所获得的序列读数；(b)比对所述测试样品的序列读数与包含所述感兴趣序列的参考基因组，从而提供测试序列标签，其中所述参考基因组被分成多个箱；(c)确定包含所述感兴趣序列的参考基因组中箱的测试序列标签的覆盖率；(d)通过采用从以与所述测试样品基本相同的方式测序并比对的未受影响的训练样品的训练组的亚组获得的预期覆盖率来调整所述箱中测试序列标签的覆盖率，并且其中使用发现与所述感兴趣序列内的箱的覆盖率相关的所述感兴趣序列外的箱的覆盖率来获得所述预期覆盖率；并且(e)基于来自(d)的经调整的覆盖率来评价所述测试样品中感兴趣序列的拷贝数。