[发明专利]从血液特异性靶向捕获人类基因组和转录组区域的方法

摘要

本发明涉及一种用于从血液(即，从无细胞循环DNA、外来体、微RNA、循环肿瘤细胞或总血细胞)高度特异性地靶向捕获人类基因组和转录组的区域的方法，以允许使用组合的核酸酶、连接、聚合酶和大规模并行测序反应的高度灵敏地检测突变、表达、拷贝数、易位、可变剪接和甲基化变化。所述方法产生适于在多个平台上测序的不同环状嵌合单链核酸构建体的集合。在一些实施方案中，所述集合的每个构建体包含来自宿主生物体的原始基因组DNA的第一单链区段和连接至所述第一单链区段且包含对所述宿主生物体而言为外源性的核苷酸序列的第二单链合成核酸区段。这些嵌合构建体适用于识别和枚举突变、拷贝变化、易位和甲基化变化。在其它实施方案中，输入mRNA、IncRNA或miRNA用来生成反映特异性mRNA、IncRNA的拼接位点变体、易位和miRNA的存在和拷贝数的环状DNA产物。

主权项

一种不同环状嵌合单链核酸构建体的集合，每个构建体包含：来自宿主生物体的原始基因组DNA的第一单链区段；和连接至所述第一单链区段且包含对所述宿主生物体而言为外源性的核苷酸序列的第二单链合成核酸区段，所述核苷酸序列包含独特标识符部分，其中所述独特标识符部分和所述原始基因组DNA的区段的核苷酸序列区分所述集合的一个嵌合单链核酸构建体与所述集合的所有其它嵌合单链核酸构建体，所述集合的所述嵌合单链核酸构建体是环化的且适于滚环扩增和/或测序。