[发明专利]建立克服基因功能冗余的全基因组功能缺失筛选方法

摘要

目前，全基因组范围内的功能缺失高通量筛选已普遍应用于各个生物过程中基因功能的研究。然而，普遍存在的基因功能冗余现象对于全面深入研究基因功能造成了很大的干扰。为此，本发明人基于基因家族建立了siRNA组合文库，该基因家族siRNA组合文库对功能相似基因的表达同时进行干扰。以检测Wnt3a诱导的β‑catenin蛋白质的稳定性为出发点，证明了相比于常规的单基因siRNA文库，基于基因家族siRNA组合文库的筛选能克服同一家族基因间的代偿效应所引起的假阴性现象。

主权项

一种构建靶向基因家族的组合siRNA文库的方法，其特征在于，所述方法包括步骤：(1)提供一蛋白组群；(2)根据所述蛋白组群中的各蛋白序列信息，进行基于结构域的多序列比对，把具有相同结构域的蛋白归为一类，形成蛋白超家族；(3)对所述蛋白超家族中蛋白种类＞n的蛋白超家族进行拆分获得蛋白家族；对所述蛋白超家族中蛋白种类≤n的蛋白超家族不进行拆分，直接归类为蛋白家族；从而实现各蛋白家族中家族成员数均≤n；(4)提供针对各蛋白家族中各成员的siRNA，将针对同一蛋白家族中各成员的siRNA组成siRNA集，针对不同蛋白家族的siRNA集构成了所述靶向基因家族的组合siRNA文库；其中n为2、3、4、或5。