[发明专利]设计目标区域特异性液相探针的方法和系统有效
| 申请号： | 201610204253.X | 申请日： | 2016-04-01 |
| 公开（公告）号： | CN107292125B | 公开（公告）日： | 2021-03-05 |
| 发明（设计）人： | 张浩;李振宇;马升升;李红玉;李建康;黄慧强;申丹;蒋慧;张建国 | 申请（专利权）人： | 深圳华大基因科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B25/20 | 分类号： | G16B25/20;C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 | 代理人： | 李志东 |
| 地址： | 518083 广东省深圳市盐田*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： |
本发明公开了设计目标区域特异性液相探针的方法和系统，其中该方法包括以下步骤：(1)将目标区域向上下游延伸预定长度，以便获得经过处理的目标区域，所述经过处理的目标区域是由数量为W |
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| 搜索关键词： | 设计 目标 区域 特异性 探针 方法 系统 | ||
【主权项】：
一种设计目标区域特异性液相探针的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)将目标区域向上下游延伸预定长度，以便获得经过处理的目标区域，所述经过处理的目标区域是由数量为Wnum的窗口构成的；(2)针对所述经过处理的目标区域，间隔固定步长选取长度为Plen的探针序列，以便构建获得初始探针集；(3)对所述初始探针集进行第一筛选，去除含有未知碱基的探针序列，以便获得经过第一筛选的探针集；(4)确定所述经过第一筛选的探针集中每一条探针的探针属性参数；(5)基于所述探针属性参数，对所述经过第一筛选的探针集进行第二筛选，以便获得经过第二筛选的探针集；(6)确定所述经过第二筛选的探针集中每一条探针的分值Pscore；(7)针对所述经过处理的目标区域的每个窗口，基于所述经过第二筛选的探针集中在所述窗口内的所有探针的Pscore值，确定一条最优探针；以及(8)合并所有窗口的最优探针，以便获得最优探针集。
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