[发明专利]染色体DNA含量的检测方法

摘要

本发明涉及一种染色体DNA含量的检测方法，其使用GC校正提高计算染色体含量的准确度，并使用相关性强的染色体集合提高相对染色体含量，提高了检测胎儿染色体非整倍性的性能。该检测方法可以用于检测血浆中游离DNA的含量，尤其是在DNA含量较低时，也只需要测序少量样本就可以较为精确的检测目标染色体上的DNA含量。

主权项

一种染色体DNA含量的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤一：提取外周血血浆中的游离DNA，构建高通量测序文库并测序基因组部分的序列，生成DNA序列数据；步骤二：将测序生成的所述DNA序列数据比对至人类参考基因组，将所述DNA序列数据定位到人类基因组的对应位置上；步骤三：将人类参考基因组划分为预设长度的连续区间，计算各区间内参考序列的GC含量和比对能力mapbl，计算落在各个区间中的序列数目RC_raw，根据比对能力得到校正后的序列数目RC_mapbl＝RC_raw/mapbl；步骤四：使用LOESS算法拟合各区间内的GC含量和对应的RC_mapbl，计算特定GC含量时对应的序列数目RC_loess；步骤五：计算各区间上GC校正后的序列数目RC_GC＝RC_raw*Mean/RC_loess，其中Mean为各区间上序列数目的平均值；步骤六：计算目标染色体i上的DNA含量NCR_i＝sumRCⁱ_GC/sumRC^chrK_GC，其中，sumRCⁱ_GC为落在目标染色体i区间上序列数目的总和，sumRC^chrK_GC为落在特定染色体集合chrK区间上序列数目的总和，所述特定染色体集合chrK为计算出的人类参考基因组中染色体序列数目总和sumRC^chrK_GC的变异系数CV的最小值对应的染色体组合。