[发明专利]一种基于内外存耦合分布式并发计算的基因比对方法

摘要

本发明要解决的技术问题是如何设计一种基于多机分布式内外存耦合并发计算的基因比对处理方法和系统，一方面分布式内外存系统中各节点可以引用读取写入存储与其它节点内存以及外存中数据，另一方面是的整个系统可以并发使用超过网络带宽的I/O带宽以提高吞吐率，并且可以减少多样本多次比对的重复计算部分以提高效率。

主权项

一种基于内外存耦合分布式并发计算的基因比对方法，其特征在于，包括以下步骤：S1、程序并发由外存读取基因数据库到内存，程序并发对数据库进行解析，构建分布式内存中数据结构；S2、对于每个样本序列文件，进行以下步骤：S21、程序根据序列文件在外存中存储分布动态分配任务到各台节点；S22、多机并发由外存读取查询序列文件到分布式内存中，基于内存中数据库数据结构进行比对，比对结果保存在分布式内存中；S23、合并所有序列比对结果并发写入到外存中。