[发明专利]一种串联RAD标签测序文库的构建方法

摘要

本发明公开了一种串联RAD标签测序文库的构建方法，步骤为1）酶切利用内切酶对DNA进行酶切反应；2）接头连接对酶切片段分别连接接头，接头设计有SapI酶的酶切位点和用于实现标签串联的特征序列以及扩增引物结合的通用序列；3）连接产物扩增利用生物素引物和普通引物组合进行PCR扩增，富集，切胶回收PCR产物，再次扩增，等量混合纯化；4）串联标签文库利用SapI酶对PCR产物进行酶切，依次串联；5）串联长标签富集串联长标签经凝胶纯化后利用引物进行PCR扩增，引入barcode构建文库；6）文库测序本发明能够实现对全基因组范围遗传标记和表观遗传变异进行高通量、低成本地筛查和检测。

主权项

一种串联RAD标签测序文库的构建方法，其特征在于，步骤为：1）酶切：利用选定内切酶对N个基因组DNA分别进行酶切反应，获得N份酶切片段，所述N为大于2的整数；2）接头连接：对所述N份酶切片段分别连接接头，即设计N对接头组合，得到N份连接产物，每份酶切片段两端连接的接头均设计有SapI酶的酶切位点和用于实现标签串联的特征序列以及扩增引物结合的通用序列，根据所添加的接头决定了N组酶切片段的串联顺序；3）连接产物扩增：将步骤2）所得到的N份连接产物分别利用不同的生物素引物和普通引物组合进行PCR扩增，富集连接有接头的酶切片段，切胶回收PCR产物，采用同样的方法扩增4‑8个循环，扩增后得到N份富集的PCR产物；将所述N份富集的PCR产物等量混合，并进行纯化；4）串联标签文库：利用SapI酶对混合并纯化后的N份PCR产物进行酶切，切除了酶切片段两端通用的接头和引物序列，使接头上带有的特征序列保留并形成末端粘性突出，N份PCR产物形成了可直接串联的标签，根据接头上的特征序列互补配对，使N份标签文库按照顺序依次串联，得串联长标签；5）串联长标签富集：将所述串联长标签经凝胶纯化后利用引物进行PCR扩增，引入barcode构建串联标签文库；6）文库测序：将所述串联标签文库利用Illunima测序平台进行测序。