[发明专利]用于诊断、预测或监测肺孢子菌肺炎的工具

摘要

本申请涉及用于诊断、预测或监测肺孢子菌肺炎(Pneumocystis pneumonia，PCP)的工具。本申请的工具也适用于在人患者中确定或预测针对PCP的药物或治疗的功效。本申请的工具涉及检测和/或定量、更具体地是定量两种不同耶氏肺孢子菌(P.jirovecii)线粒体基因的RNA转录物。所述两种耶氏肺孢子菌线粒体基因中的第一种是其序列编码Cytb蛋白的耶氏肺孢子菌基因，或耶氏肺孢子菌线粒体小亚单位(mtSSU)基因。所述两种耶氏肺孢子菌线粒体基因中的第二种是其序列转录成耶氏肺孢子菌核糖体RNA的耶氏肺孢子菌基因，例如是线粒体耶氏肺孢子菌大亚单位(mtLSU)基因。

主权项

一种用于诊断或预测其为耶氏肺孢子菌(Pneumocystis jirovecii)携带者的人患者是否患有或者发展肺孢子菌肺炎(Pneumocystis pneumonia，PCP)的体外方法，其中所述方法包括i.在先前从所述人患者的呼吸道获得的生物流体样品的RNA物质中，定量两种不同耶氏肺孢子菌线粒体基因的RNA转录物，以获得第一耶氏肺孢子菌线粒体基因的RNA转录物的定量的值和第二耶氏肺孢子菌线粒体基因的RNA转录物的定量的值，其中所述两种不同耶氏肺孢子菌线粒体基因中的至少一种是其序列转录成耶氏肺孢子菌核糖体RNA的耶氏肺孢子菌基因，其中所述第一耶氏肺孢子菌线粒体基因是其序列编码Cytb蛋白的耶氏肺孢子菌基因，或是其序列转录成耶氏肺孢子菌核糖体RNA的耶氏肺孢子菌基因，并且其中所述第二耶氏肺孢子菌线粒体基因是其序列转录成耶氏肺孢子菌核糖体RNA的耶氏肺孢子菌基因，ii.计算i的所述第一耶氏肺孢子菌线粒体基因的RNA转录物的定量的值与i的所述第二耶氏肺孢子菌线粒体基因的RNA转录物的定量的值的比，iii.将ii的比的值与阈值进行比较，其中，当ii的比的值等于或低于所述阈值时，所述人患者被诊断或预测为患有或发展PCP的风险高，其中，当ii的比的值高于所述阈值时，所述人患者被诊断或预测为患有或发展PCP的风险低，其中所述阈值通过比较所述第一耶氏肺孢子菌线粒体基因的RNA转录物的定量的值与所述第一细菌线粒体基因的RNA转录物的定量的值的比的值或值的分布而被预先确定，所述比取自耶氏肺孢子菌携带者的参考人队列，所述队列已根据患有或发展PCP的耶氏肺孢子菌携带者的状态或者根据没有患有或没有发展PCP的耶氏肺孢子菌携带者的状态而预先建立，以将所述人患者分类为其具有最高概率属于的那些参考队列的患者，和其中通过(cDNA)逆转录和PCR扩增进行所述步骤i的定量。