[发明专利]在自动化反应盒中DNA甲基化的整合的纯化和测量以及突变和/或mRNA表达水平的共同测量

摘要

在各实施方案中，提供了测定DNA的甲基化的方法。在一个说明性但非限制性的实施方案中，所述方法包括i)使包含核酸的生物样品与包含第一柱或滤器的第一基质材料接触，其中所述基质材料结合/或过滤所述样品中的核酸，从而纯化DNA；ii)从所述第一基质材料上洗脱结合的DNA并使DNA变性以产生洗脱的变性DNA；iii)在亚硫酸氢盐离子的存在下加热洗脱的DNA以产生脱氨基的核酸；iv)使所述脱氨基的核酸与包含第二柱的第二基质材料接触以将所述脱氨基的核酸与所述第二基质材料结合；v)将结合的脱氨基的核酸脱磺酸基和/或通过将所述脱氨基的核酸与碱性溶液接触来使所述核酸同时洗脱和脱磺酸基以产生亚硫酸氢盐转化的核酸；vi)从所述第二基质材料上洗脱所述亚硫酸氢盐转化的核酸；和vii)在所述亚硫酸氢盐转化的核酸上进行甲基化特异性PCR和/或核酸测序和/或高分辨率熔解分析(HRM)以测定所述核酸的甲基化，其中至少步骤iv)至vi)在单个反应盒中进行。

主权项

一种测定核酸的甲基化状态的方法，所述方法包括：i)使包含核酸的生物样品与包含第一柱或滤器的第一基质材料接触，其中所述基质材料结合和/或过滤所述样品中的核酸，从而纯化DNA；ii)从所述第一基质材料上洗脱结合的DNA并使DNA变性以产生洗脱的变性DNA；iii)在亚硫酸氢盐试剂的存在下加热洗脱的DNA以产生脱氨基的核酸；iv)使所述脱氨基的核酸与包含第二柱的第二基质材料接触以使所述脱氨基的核酸与所述第二基质材料结合；v)将结合的脱氨基的核酸脱磺酸基和/或通过将所述脱氨基的核酸与碱性溶液接触来同时使所述核酸洗脱并脱磺酸基以产生转化的(例如亚硫酸氢盐转化的)核酸；vi)从所述第二基质材料上洗脱所述亚硫酸氢盐转化的核酸；和vii)在所述转化的核酸上进行甲基化特异性PCR和/或核酸测序和/或高分辨率熔解分析(HRM)以测定所述核酸的甲基化，其中至少步骤iv)至vi)在单个反应盒中进行。