[发明专利]用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法

摘要

公开了用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法。所述方法包括：从群体的实验油棕榈植物的样品确定至少第一SNP基因型，所述第一SNP基因型对应于第一SNP标记，所述第一SNP标记位于用于高产油量性状的第一QTL中，并且在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少7.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联，或者相对于与所述第一SNP标记连锁的第一其他SNP标记具有至少0.2的连锁不平衡r2值，所述第一其他SNP标记在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少7.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联。所述方法还包括将所述第一SNP基因型与相应的第一参考SNP基因型进行比较，并基于SNP基因型的匹配程度预测所述实验植物的棕榈油产量。

主权项

1.一种用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法，所述方法包括以下步骤：(i)从油棕榈植物群体的实验油棕榈植物的样品确定所述实验油棕榈植物的至少第一单核苷酸多态性(SNP)基因型，所述第一SNP基因型对应于第一SNP标记，所述第一SNP标记(a)位于用于高产油量性状的第一数量性状基因座(QTL)中，并且(b)在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少7.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联，或者相对于与所述第一SNP标记连锁的第一其他SNP标记具有至少0.2的连锁不平衡r2值，所述第一其他SNP标记在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少7.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联；(ii)将所述实验油棕榈植物的所述第一SNP基因型与在与所述群体相同遗传背景下指示所述高产油量性状的相应的第一参考SNP基因型进行比较；以及(iii)基于所述实验油棕榈植物的所述第一SNP基因型与所述相应的第一参考SNP基因型的匹配程度来预测所述实验油棕榈植物的棕榈油产量，其中所述第一QTL是对应于以下中的一个的油棕榈基因组的区域：(1)QTL区域1，从染色体2的核苷酸1516571延伸至4215826；(2)QTL区域2，从染色体2的核苷酸4858549延伸至5594262；(3)QTL区域3，从染色体2的核苷酸33949264延伸至34110104；(4)QTL区域4，从染色体3的核苷酸43405853延伸至43834266；(5)QTL区域5，从染色体3的核苷酸44126148延伸至44193097；(6)QTL区域6，从染色体4的核苷酸30702027延伸至31148630；(7)QTL区域7，从染色体4的核苷酸33166529延伸至33451554；(8)QTL区域8，从染色体7的核苷酸35906266延伸至36257708；(9)QTL区域9，从染色体10的核苷酸29233675延伸至29612202；(10)QTL区域10，从染色体11的核苷酸13470988延伸至13734716；(11)QTL区域11，从染色体13的核苷酸24620951延伸至24989005；或(12)QTL区域12，从染色体15的核苷酸6941783延伸至7160542。