[发明专利]一种序列自动拼接方法及装置有效
| 申请号： | 201710104162.3 | 申请日： | 2017-02-24 |
| 公开（公告）号： | CN106951734B | 公开（公告）日： | 2019-07-26 |
| 发明（设计）人： | 段广有;金亮;徐凤丹;廖国娟;葛毅 | 申请（专利权）人： | 苏州金唯智生物科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00 |
| 代理公司： | 广州市越秀区哲力专利商标事务所(普通合伙) 44288 | 代理人： | 胡拥军;赵赛 |
| 地址： | 215123 江苏省苏州市苏州工*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种序列自动拼接方法及装置，该方法包括以下步骤：S1：获取测序样本并对其进行预处理，所述测序样本包括多个测序数据序列；S2：计算每个测序数据序列的长度，选择长度最长的测序数据序列并记为起始序列；S3：从其余测序数据序列中选择一个并记为待拼接序列；S4：将所述起始序列与所述待拼接序列进行比对；S5：当该起始序列与所述待拼接序列存在长度大于预设值M的公共子串时，则将该起始序列与该待拼接序列进行拼接并得到一拼接序列，并将该拼接序列记为新的起始序列；S6：判断是否还有测序数据序列未拼接，若是，则依次执行S3、S4和S5；若否，则执行S7；S7：生成测序结果文件。本发明大大提高了拼接结果的准确性。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 序列 自动 拼接 方法 装置 | ||
【主权项】：
1.一种序列自动拼接方法，其特征在于，包括以下步骤：S1：获取测序样本并对其进行预处理，所述测序样本包括多个测序数据序列；S2：计算每个测序数据序列的长度，选择长度最长的测序数据序列并记为起始序列；S3：从其余测序数据序列中选择一个并记为待拼接序列；S4：将起始序列与待拼接序列进行比对；S5：当该起始序列与该待拼接序列存在长度大于预设值M的公共子串时，则将该起始序列与该待拼接序列进行拼接并得到一拼接序列，并将该拼接序列记为新的起始序列；S6：判断是否还有测序数据序列未拼接，若是，则依次执行S3、S4以及S5；若否，则执行S7；S7：生成测序结果文件；所述预处理具体包括根据系统预设的信号强度阈值将每个测序数据序列的低置信度区域去除，以及对酒精峰的识别判定；所述测序结果文件包括拼接测序结果以及使用说明。
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