[发明专利]一种从胸水中提取cfDNA的方法、试剂盒以及构建的cfDNA文库

摘要

本发明涉及一种从胸水样本中提取cfDNA，用于构建高通量测序文库的方法，属于基因检测技术领域。本发明首次成功地从胸水中提取到了cfDNA，经验证可作为高通量测序文库构建的样本来源，并且可以成为血浆cfDNA的一种有效补充；此外，该方法中通过对胸水样本中cfDNA大小片段分离后，使得胸水样本中的cfDNA纯度更高，使其更适合于DNA文库的构建，更利于后期突变的检出，可以解决常规仅通过血浆提取cfDNA建库的样本单一性和检出率问题。

主权项

1.一种从胸水中提取cfDNA的方法，其特征在于，包括如下步骤：第1步，对胸水样本进行离心分离；第2步，在第1步得到的上清中加入Carrier RNA、蛋白酶K、裂解液，进行孵育处理，再加入DNA析出液；第3步，将第2步得到的样品采用柱吸附的方式对cfDNA进行吸附，再经过解吸之后，获取到cfDNA；所述的裂解液中包含有100 mmol Tris-HCl、25 mmol EDTA、500 mmol NaCl、1% SDS；所述的DNA析出液中包含有0.15 mol/L NaCl、0.02～0.05 M 磷酸盐溶液；柱吸附中采用的是硅胶膜吸附柱；在进行解吸之前，依次采用盐洗涤溶液和醇洗涤溶液对吸附柱进行冲洗；所述的盐洗涤溶液中包括有：10～20 mM 三羟甲基氨基甲烷；1～5 M 盐酸胍、10～30mM EDTA-2Na、0.1～1% HCl；所述的醇洗涤溶液是由75～80vol.%的乙醇和异丙醇1:1配制；所述的Carrier RNA的加入量是是每毫升胸水样本中加入5～50μl，蛋白酶K的加入量是每毫升胸水样本中加入50～500μl，裂解液的加入量是每毫升胸水样本中加入0.5～5ml，DNA析出液的加入量是每毫升胸水样本中加入0.5～5ml；盐洗涤溶液的用量是每毫升胸水样本对应30～100μl；醇洗涤溶液的用量是每毫升胸水样本对应150～300μl；解吸所采用的解吸液是无酶水；