[发明专利]一种鉴定胚胎平衡易位断裂点和平衡易位携带状态的方法

摘要

本发明涉及生物技术领域，涉及基因组序列分析领域,具体涉及一种鉴定胚胎平衡易位断裂点和平衡易位携带状态的方法，所述包括如下步骤：对样本进行扩增、测序；将测序序列比对到参考基因组，拷贝数分析；精确确定易位断裂点的位置；检测断裂点周围SNP，对SNP基因型分型；胚胎单倍型分析，综合判断正常染色体和易位染色体单倍型；确定胚胎携带状态，根据单倍型挑选不携带平衡易位的胚胎。所述方法可以精准确定平衡易位断裂点位置，又能利用少量SNP位点准确的判断、分型，鉴定出不携带平衡易位的胚胎。

主权项

一种确定胚胎平衡易位断裂点的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)获取胚胎待测样本和父母DNA；(2)对待测样本进行扩增，构建文库后测序；(3)将步骤(2)获得的基因组序列与参考基因组进行比对，从而获得基因组序列在参考基因组上的位置信息；(4)将所述的参考基因组分成N个区域片段，其中每个区域片段为一个窗口，计算每个窗口的拷贝数；(5)确定正常拷贝数的阈值范围，逐个计算每个窗口及周围窗口拷贝数的三均值Mi，将Mi不落在阈值范围的窗口记录下来，连续的窗口合并，直到遇到正常窗口；(6)将步骤(5)连续的窗口定义为一级区域，继续计算一级区域每个窗口及周围窗口的三均值Mnps，第一个窗口为第1断点bp1，每遇到正常和异常转换的窗口，为断点bpi；(7)每两个断点之间定义为二级区域，继续计算二级区域每个窗口的三均值Mj，将Mj落在阈值范围之外的窗口即为精确的拷贝数变异区域，所述区域的起始和终止的位置即为拷贝数变异的起始和终止断点；(8)选取多个拷贝数异常的胚胎，用步骤(1)‑(7)计算每个胚胎的两条染色体平衡易位的断裂点，分别计算两条染色体平衡易位断裂点的三均值，即为胚胎精确的平衡易位的断裂点；其中，所述i和j独立地为1至N的任意正整数。