[发明专利]利用上位性解析毛白杨LncRNA Pto-CRTG及其靶基因Pto-CAD5互作关系的方法及系统

摘要

本发明提出了利用上位性解析毛白杨LncRNA Pto‑CRTG及其靶基因Pto‑CAD5互作关系的方法及系统。利用根据本发明实施例的方法和系统，能够利用上位性解析毛白杨LncRNA及其靶基因的互作关系。在lncRNA Pto‑CRTG和其Cis靶基因Pto‑CAD5中发现的功能性SNP位点为这两个基因在林木分子标记育种中的应用提供了重要的参考价值。

主权项

1.一种利用上位性解析毛白杨LncRNA Pto‑CRTG及靶基因Pto‑CAD5互作关系的方法，其特征在于，所述方法包括：S1,从毛白杨杂交群体中选取生长量最高和最低的基因型个体；S2,从所述最高和最低生长量的毛白杨个体的成熟木质部样品中提取总RNA，得到代表毛白杨高生长量的总RNA和低生长量的总RNA；S3,将提取出的高生长量总RNA等量混合后构建高生长量cDNA文库，同时，将提取出的低生长量总RNA等量混合后构建低生长量cDNA文库，并分别对高生长量cDNA文库和低生长量cDNA文库进行RNA‑seq测序；S4,基于测序结果及LncRNA的预测流程，获得所述高生长量cDNA文库和低生长量cDNA文库中的LncRNA的注释信息；S5，基于LncRNA的表达量，筛选出高生长量与低生长量个体木质部中差异表达倍数最高的LncRNA Pto‑CRTG，以便获得候选LncRNA Pto‑CRTG；S6,基于所述候选LncRNA Pto‑CRTG预测其Cis作用方式的靶基因；S7,依据预测结果，从已有毛白杨成熟木质部cDNA文库中分离获得所述候选LncRNA Pto‑CRTG的Cis作用方式的靶基因Pto‑CAD5；S8，选择毛白杨关联作图群体及测定表型；S9，依据所述Pto‑CRTG与Pto‑CAD5的基因序列，在毛白杨关联群体中进行SNP的发现与基因型分型；S10，依据Pto‑CRTG与Pto‑CAD5基因在毛白杨关联群体中的各SNP位点基因型和毛白杨关联群体表型数据，进行标记与性状的上位性关联分析。