[发明专利]黄瓜雄性不育基因、分子标记、筛选方法及其用途

摘要

本发明涉及与黄瓜雄性不育基因相关的SNP和InDel标记及其筛选方法，并根据这些标记筛选获得了黄瓜雄性不育基因。具体地，筛选方法包括如下步骤。(1)配置群体；(2)建库测序；(3)分离群体分组分析(BSA)和(4)竞争性等位基因特异性PCR(KASP)，精细定位不育基因，并得到与不育性状紧密连锁的SNP或InDel位点。该雄性不育基因的获得为快速鉴定黄瓜雄性不育性植株和黄瓜杂交种的高效生产提供了有效的工具。

主权项

一种定位黄瓜雄性不育基因的方法，所述方法包括以下步骤：(1)配置群体：将植物雄性不育系作为母本与可育远缘品种为父本进行杂交，得到杂种F1，由杂种F1自交得到F2代分离群体，F2代分离群体中存在雄性可育和雄性不育两种表型；(2)建库测序：提取母本、父本、F2代中可育单株和不育单株的基因组DNA并分别混合形成4个混池即母本池、父本池、可育池及不育池，对各混池的基因组DNA进行双末端测序，对测序得到的读段用BWA软件与正常黄瓜基因组比对，基于比对的结果，使用GATK软件进行SNP的检测和注释；(3)分离群体分组分析(BSA)：根据测序获得的SNP的检测结果，计算可育池与不育池的Δ(SNP‑index)值，采用Δ(SNP‑index)值的99％的置信区间，来确定目标基因所在区域,其中SNP‑index指某个染色体位点含有SNP的读段数与测到的该位点的总读段数的比值，Δ(SNP‑index)指可育池与不育池的SNP‑index值之差；(4)竞争性等位基因特异性PCR(KASP)：针对候选区间内选取的候选SNP位点设计SNP分型引物在F2群体中进行KASP分型，得到与不育性状紧密连锁的SNP或InDel位点；(5)根据KASP分型结果构建遗传图谱，定位雄性不育基因。